%A 许红恩,张化浩,韩民锦,沈以红,黄先智,向仲怀,张泽 %T 真核生物转座子鉴定和分类计算方法 %0 Journal Article %D 2012 %J 遗传 %R 10.3724/SP.J.1005.2012.01009 %P 1009-1019 %V 34 %N 8 %U {http://www.chinagene.cn/CN/abstract/article_2528.shtml} %8 2012-08-20 %X 重复序列是真核生物基因组的重要组成成分, 根据其序列特征及在基因组中的存在形式, 可以进一步分为串联重复、片段重复和散在重复。其中, 散在重复大多起源于转座子。根据转座介质的不同, 转座子又可分为DNA和逆转录转座子。转座子的转座和扩增对基因的进化和基因组的稳定具有显著的影响; 同时与其他类型的重复序列相比, 转座子的结构和分类更为复杂多样, 使得对转座子的鉴定和分类更为复杂和困难。鉴于此, 文章简要概括了转座子的功能及分类, 总结了真核生物转座子鉴定、分类和注释的3个步骤:(1)重复序列库的构建; (2)重复序列的校正和分类; (3)基因组注释。着重介绍了每一步骤所采用的不同计算方法, 比较了不同方法的优缺点。只有把多种方法结合起来使用才能实现全基因组转座子的精确鉴定、分类和注释, 这将为转座子的全基因组鉴定和分类提供借鉴意义。