%A 丁安明, 李凌, 屈旭, 孙亭亭, 陈雅琼, 宗鹏, 李尊强, 龚达平, 孙玉合 %T 番茄PPR基因家族的鉴定与生物信息学分析 %0 Journal Article %D 2014 %J 遗传 %R 10.3724/SP.J.1005.2014.00077 %P 77-84 %V 36 %N 1 %U {http://www.chinagene.cn/CN/abstract/article_2783.shtml} %8 2014-01-20 %X

PPR(Pentatricopeptide repeats)基因家族在植物中广泛存在, 其在植物生长发育过程中至关重要。文章采用生物信息学方法, 利用Pfam已鉴定的PPR保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组计划注释的蛋白序列, 最终确定了番茄中可能存在的471个PPR编码基因; 根据拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)中鉴定的各个结构域的特点对其进行了蛋白结构分析、分类和保守序列分析, 并对番茄PPR基因家族进行了系统进化树构建、染色体定位、亚细胞定位预测、表达和GO分析等。结果表明:番茄PPR基因家族分为P和PLS两个亚家族, 各占序列数目的一半, PLS亚家族又分为PLS、E、E+和DYW四类, 且在进化树中形成不同的分支; 各个结构域在植物中非常保守; PPR基因家族分布在番茄12条染色体上, 且多数无内含子结构; 大部分PPR蛋白具有线粒体或叶绿体定位序列, GO分析表明PPR蛋白参与RNA相关的生物学过程