LncRNA调控骨骼肌发育的分子机制及其在家养动物中的研究进展

周瑞,王以鑫,龙科任,蒋岸岸,金龙

Regulatory mechanism for lncRNAs in skeletal muscle development and progress on its research in domestic animals

Zhou Rui,Wang Yixin,Long Keren,Jiang Anan,Jin Long

表2 常见预测lncRNA靶标的数据库信息

Table 2 A summary of common lncRNA databases for predicting targets of lncRNA

数据库名称 网址 说明 参考文献 ChIPBase http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/ 利用ChIP-seq数据分析miRNA-lncRNA的转录调节关系。 [43] DIANA-LncBase www.microrna.gr/LncBase CLIP-seq实验验证的和计算机预测的miRNA- lncRNA相互作用信息。 [44] lncRNA2Target http://mlg.hit.edu.cn/lncrna2target/ lncRNA靶基因数据库,提供lncRNA敲除或过表达后引起表达差异的基因。 [45] lncRNASNP http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/ 预测lncRNA上的SNP位点,对miRNA-lncRNA互作结合位点处的SNP进行排序,预测miRNA- lncRNA相互作用。 [46] NPInter http://www.bioinfo.org/NPInter/ 预测ncRNA与其他生物分子(蛋白质、DNA和RNA)之间的相互作用。 [47] Predicted RNA-RNA interactions http://rtools.cbrc.jp/cgi-bin/RNARNA/index.pl 预测lncRNA和mRNA的相互作用。 [48] starBase v2.0 http://starbase.sysu.edu.cn/ 利用CLIP-seq数据中分析miRNA-ceRNA、miRNA- ncRNA和蛋白质-RNA相互作用网络。 [49]