LncRNA调控骨骼肌发育的分子机制及其在家养动物中的研究进展

周瑞,王以鑫,龙科任,蒋岸岸,金龙

Regulatory mechanism for lncRNAs in skeletal muscle development and progress on its research in domestic animals

Zhou Rui,Wang Yixin,Long Keren,Jiang Anan,Jin Long

表3 研究lncRNA与蛋白质相互作用的技术方法

Table 3 The technologies to study lncRNA-protein interaction

方法 研究内容 特点 应用 参考文献 RNA pulldown 研究与目的RNA互作的蛋白质 (1)体外转录合成单链RNA探针 (2)标记的RNA捕获RBPs (3)富集内源、过表达和体外翻译的蛋白 在C2C12细胞中,利用体外生成的生物素标记的Dum转录本证实Dum与大量Dnmts蛋白结合[17] [16] RIP和RIP-Chip/seq 研究与目的蛋白互作的RNA (1)检测单个蛋白于特定RNA的相互作用 (2)利用微阵列或者高通量测序发现RNA的种类 (3)通过qRT-PCR检测RNA 全基因组范围内筛选与polycomb相关的RNA,如Dlk1[21]。RIP实验证明LncMyoD直接与IMPs结合[8] [8] ChIRP和CHART 研究与目的RNA互作的蛋白质和DNA (1)短DNA寡核苷酸探针靶向RNA (2)高通量筛选RNA结合的蛋白和DNA 运用改良的ChIRP技术(dChIRP),揭示了lncRNA Dum直接与Dpp2a基因的启动子结合[17] [16] CLIP 研究与目的蛋白互作的RNA (1)通过光反应或者化学反应交联RNA和蛋白质 (2)体内捕获RNA-蛋白质的相互作用 (3)高通量筛选与蛋白质结合的RNA 利用改良的CLIP 技术(PAR-CLIP),筛选与AUF1蛋白互作的RNA,如lncRNA NEAT1[56] [56]