基于CRISPR/Cas系统的噬菌体基因组编辑

梁彩娇,孟繁梅,艾云灿

CRISPR/Cas systems in genome engineering of bacteriophages

Liang Caijiao,Meng Fanmei,Ai Yuncan

表1 CRISPR/Cas系统中4种亚型的免疫机制

Table 1 Immunity mechanisms of four subtypes of CRISPR/Cas systems

类型 代表 适应 pre-crRNA加工 crRNP复合物 干涉 参考文献 Ⅰ-E E. coli K12 Ⅰ-E RecBCD和Cas1-2参与,由Cas1识别PAM (CTT) Cas6特异加工 Cascade: CasA1B2C6D1E1:61 nt crRNA1 (PDB: 4U7U) Cse1 (CasA)识别PAM,Cas3切割dsDNA [12~17] Ⅰ-F P. aeruginosa UCBPP PA14 Ⅰ-F Cas1-3与Csy1-4参与 Cas6特异加工 缺乏研究 Cas2/3切割dsDNA [18~20] Ⅱ-A S. pyogenes SF370 Ⅱ-A tracrRNA-Cas9-Cas1- Cas2-Csn2参与,由Cas9识别PAM (NGG) tracrRNA、RNaseⅢ和Cas9参与 SpyCas9:RNA (tracrRNA:crRNA) (EMD-5859) Cas9识别PAM,并切割dsDNA [10, 21, 22] Ⅲ-A S. epidermidis RP62a Ⅲ-A 缺乏研究 PNPase参与,Cas6特异加工 缺乏研究* 非PAM依赖,Cas10切割dsDNA有义链,Csm3切割RNA [11, 23~25]