植物环状RNA研究进展

骆甲,王型力,孙志超,吴迪,张玮,王正加

Progress in circular RNAs of plants

Luo Jia,Wang Xingli,Sun Zhichao,Wu Di,Zhang Wei,Wang Zhengjia

表2 7种circRNA预测方法

Table 2 Summary of seven methods for circRNA detection

软件名称 编写语言 比对方法 比对程序 敏感度 准确度 计算速度 备注 CIRCexplorer Python 有参 TopHat/STAR 高 高 慢 基因注释需求 CIRI Perl 无参 BWA-MEM 高 低 慢 高RAM需求 find_circ Python 无参 Bowtie2 低 低 快 低RAM需求 circRNA_finder Perl 无参 STAR 低 低 快 双端测序验证 Mapsplice Python 有参 Bowtie1 高 高 慢 基因注释要求 KNIFE Python& Perl 有参 Bowtie 1& 2 高 高 慢 外显子注释要求 PcircRNA_finder Perl 有参 Tophat-Fusion 高 高 慢 植物特异