| circBase | 199 161 | 动物组织样本 | 文献及其他数据库 | http://circbase.org/ | 包含所有的circRNA转录本注释信息,预测其剪接形式,并且提供剪切位点间序列的比对信息。提供Blast比对工具及fasta格式数据下载功能 | [49] |
| Circ2Traits | 1951 | 人类疾病组织样本 | 文献及其他数据库 | http://gyanxet-beta.com/circdb/ | 包含计算circRNA与疾病相关的miRNA互作的可能性,构建miRNA与蛋白质、长链非编码RNA和circRNA之间的互作网络及富集分析,circRNA与疾病相关SNP互作位点分析 | [50] |
| CircNet | 282 948 | 动物组织样本 | 数据库 | http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/ | 包含新鉴定的circRNA、整合miRNA靶基因网络,circRNA可变剪切体的表达谱、基因组注释以及序列信息 | [51] |
| CSCD | 1 121 871 | 肿瘤组织样本 | 228个肿瘤组织细胞系RNA测序数据 | http://gb.whu.edu.cn/CSCD | 包含每一个circRNA的miRNA应答元件位点、RNA蛋白结合位点、开放阅读框(ORF)以及每一个circRNA的线性转录本的剪接事件的预测信息 | [52] |
| circRNADb | 32 914 | 人类组织样本 | 重新整合多个数据库 | http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb | 包含人类外显子circRNA外显子剪接事件、基因组序列、内部核糖体进入位点(IRES)、开放阅读框信息及证据支撑的参考文献 | [53] |
| PlantcircBase | 77 595 | 水稻、拟南芥、玉米、番茄和
大麦 | 生物信息学预测或实验验证 | http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/ | 包含circRNA的miRNA海绵功能信息,circRNA-miRNA-mRNA互作网络图,基于基因组位置对circRNA结构的可视化以及提供circRNA的序列查询工具 | [54] |
| PlantCircNet | 139 276 | 拟南芥、水稻及其他8种植物 | 数据库 | http://bis.zju.edu.cn/plantcircnet/index.php | 包含互作网络图的可视化工具,过表达miRNA靶基因的GO富集工具,以及circRNA基因组注释、序列、剪切体的信息 | [55] |
| AtCircDB | 84 685 | 拟南芥 | 622个拟南芥RNA测序数据 | http://genome.sdau.edu.cn/circRNA | 包含拟南芥全面的组织特异性circRNA数据,提供检索、可视化以及下载拟南芥circRNA数据 | [56] |