| Circinteractome | 核糖核蛋白复合物预测分析 | http://circinteractome.nia.nih.gov | 提供人类circRNA上的RNA结合蛋白和miRNA结合位点信息,检测引物设计工具,设计用于circRNA沉默的siRNA,以及鉴定circRNA上潜在的内部核糖体切入位点 | [78] |
| circlncRNAnet | lncRNAs-circRNAs互作与共表达预测分析 | http://app.cgu.edu.tw/
circlnc/ | 提供灵活的框架及多个分析模块,可接受和处理用户定义的NGS表达数据,得到表达谱、共表达网络和通路以及分子相互作用信息 | [79] |
| deepBase | 非编码RNA与蛋白的互作预测分析 | http://biocenter.sysu.
edu.cn/deepBase/ | 提供19个物种不同的非编码RNA进化、表达和功能分化信息,预测蛋白质-lncRNA-circRNA互作网路 | [80] |
| SomamiR 2.0 | miRNA-lncRNA-circRNA互作预测分析 | http://compbio.uthsc.edu/SomamiR | 提供体细胞突变对miRNA和lncRNA及circRNA互作的影响的分析,集成数据库miR2GO工具,及定位miRNA靶位点分析 | [81] |
| CIRCpedia | 可变剪切位点预测 | http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/ | 提供人、小鼠、果蝇及蠕虫样本不同细胞系中circRNAs中可变剪切注释信息,提供可变反向剪切circRNA的鉴定工具 | [82] |