作物组学数据库的比较和应用

宋洁,吴永波,周跃恒,柳波娟,王楠,郝转芳,吴元奇

Comparation and utilization of crop-omics databases

Song Jie,Wu Yongbo,Zhou Yueheng,Liu Bojuan,Wang Nan,Hao Zhuanfang,Wu Yuanqi

表1 5大组学常用数据库

Table 1 Commonly used database involved in the five main crop-omics

分类 综合数据库 特定数据库 水稻 玉米 小麦 其他作物 基因组学 GenBank (NCBI)、EBI (EMBL)、DDBJ (DNA Data Bank of Japan)、Phytozome、GSDB、Gramene、Ensembl Plants、PlantGDB、planteome、EasyGO Rice Data、The TIGR Rice Database、NCPGR、IC4R、REDB、RMD、BGF、BGI-RIS The TIGR Maize Database、 MaizeGDB、Panzea、MGCN、MTM、PGSB The TIGR Wheat Database、GrainGenes、ECPGR、SHIGEN、CR-EST 转录组学 GEO(NCBI)、ArrayExpress、SMD、PlantTFDB、Genevestigator、GABI、PLEXdb、PlantQTL-GE、HarcEST DRTF、RED、RiceGE、RiceXPro 蛋白质组学 GO、COG/KOG、GOA、UniProt (SWISS-PROT, TrEMBL, PIR)、Pfam、InterPro、STRING、DOMINE、Phospho.ELM、PMAP、TRRD、PHYTOPROT RPD、RPSD、RKD 代谢组学 KEGG、MetaCyc (PlantCyc)、GMD (GC-MS、GC-TOF-MS)、Metlin (LC-MS、MS/MS、FTMS)、MMCD、MassBank、BiGG Models 表型组学 Gramene、GrainGenes CottonQTLdb、CottonGEN、TILLING、BASC