作物组学数据库的比较和应用
宋洁,吴永波,周跃恒,柳波娟,王楠,郝转芳,吴元奇

Comparation and utilization of crop-omics databases
Song Jie,Wu Yongbo,Zhou Yueheng,Liu Bojuan,Wang Nan,Hao Zhuanfang,Wu Yuanqi
附表2 130篇统计文献相关信息
Supplementary Table 2 Information of the 130 literatures
作物名称 发表年份 利用数据库 文献名称
水稻 2007 NCBI 一个低氮诱导表达的水稻Dof转录因子OsDof-13的分离和转化
NCBI、Pfam 水稻Ds插入双分蘖突变体形成机理的分析
GenBank 水稻谷蛋白基因 GluB-6的cDNA克隆及表达
水稻基因芯片注释整合数据库 RiceDB: 基于Web界面的水稻基因芯片注释整合数据库
MSDB (MySQL) 红莲型水稻细胞质雄性不育花粉总蛋白质初步比较分析
2008 NCBI 水稻 SLR1 基因的克隆及其植物表达载体的构建
GenBank 水稻胚胎发育过程相关基因的鉴定(简报)
GenBank 一个新的水稻逆境响应基因OsMsr1的表达与克隆
TIGR 利用阵列分析水稻AP2/EREBP家族基因 的表达特性
TIGR 水稻单侧卷叶突变体B157遗传分析及基因初步定位
作物名称 发表年份 利用数据库 文献名称
水稻 2009 TIGR 水稻U-Box 蛋白质在不同发育时期的表达分析
SWISS-PROT
MSDB (MySQL)
水稻灌浆期叶片蛋白质差异表达及其作用机理分析
SSR标记数据库、
水稻基因组数据库
一个水稻开颖不育突变体ohs1 (t)的遗传分析及基因定位
2010 GenBank 一个新的水稻低温应答类糖基转移酶基因(OsCrGtl)的表达分析与克隆
2011 NCBI 水稻维生素C合成相关基因的表达分析
GenBank 水稻多逆境响应基因OsMsr13的克隆与功能分析
TIGR、Pfam 水稻油体钙蛋白家族的进化及对干旱胁迫的响应性分析
Plant MetGenMAP (MySQL) Plant MetGenMAP数据库分析水稻表达谱芯片数据的方法初探
Rice Data 中国水稻品种及其系谱数据库
2012 NCBI 水稻中介体亚基的表达谱分析及亚细胞定位
GenBank 水稻OsWRKY17基因定位表达载体的构建
GEO GEO水稻相关基因表达数据研究现状
TIGR 一个水稻叶片衰老上调表达基因的初步生物学功能分析
水稻基因组数据库 2个水稻PLT基因启动子的克隆及其表达分析
GO、UniProtKB 外源茉莉酸甲酯诱导的水稻叶片蛋白质差异表达分析
RiceXPro 水稻OsSsr1基因的生物信息学分析、亚细胞定位及其表达模式
SCI-EXPANDED 基于Web of Science的水稻研究态势分析
2013 NCBI、Pfam 水稻Ds插入稃片失绿突变体的初步鉴定
NCBI 水稻磷转运蛋白OsPHT2-1在提高磷素利用率方面的作用
GenBank OsPIN1a基因在水稻根负向光性中的作用初探
水稻基因组数据库 几条水稻MAR序列的克隆及其功能分析
水稻基因组数据库 水稻WRKY80转录调节蛋白基因的分离与表达模式
Gramene 水稻茸毛基因GL6的遗传学分析与精细定位
GO、KEGG 水稻CYP81A6基因干扰对其他基因表达的影响
2014 Gramene 水稻窄卷叶突变体nrl(t)的遗传分析与基因定位
蛋白质数据库 耐热和热敏感水稻应答灌浆初期高温胁迫过程中的差异表达蛋白质鉴定
Plant TGDB 水稻抗逆相关基因的分子进化分析
SOGO顺式作用元件数据库 水稻胚乳特异表达启动子DXCP35的克隆及功能鉴定
2015 NCBI 基于EST数据的水稻基因表达大规模初步分析
Rice Data 不同环境下水稻株高和穗长的QTL分析
Rice Data 中国两系杂交水稻光温敏核不育基因的鉴定与演化分析
TFDB、ExPASy、RGAP、KOME 水稻Trihelix转录因子家族全基因组分析及功能预测
MySQL 控制水稻抽穗延迟基因OsSET34的鉴定和图位克隆
2016 NCBInr、GO、KEGG 水稻颖花开放前浆片转录组变化
水稻基因组注释数据库(RGAP) 水稻OsABC1K3突变体鉴定及其对强光胁迫的响应
水稻基因组注释计划数据库 水稻中过敏原蛋白全基因组预测及生物学功能分析
作物名称 发表年份 利用数据库 文献名称
水稻 2017 BGI-RIS 基于比较转录组的水稻苗期耐冷相关基因BGIOSGA032296 TALEN基因组编辑技术构建
MySQL 小RNA高通量测序数据分析方法
MySQL 基于PHP技术的玉米大豆水稻农艺性状专网的设计与建立
玉米 2007 GenBank 基于同源克隆技术分离玉米漆酶基因片段
MaizeGDB 玉米抗病基因一致性图谱的构建
玉米的核酸数据库 应用抑制差减杂交法分离玉米幼苗期叶片土壤干旱诱导的基因
2008 NCBI 玉米C型细胞质雄性不育系C48-2及其保持系线粒体差异蛋白分析
MaizeGDB、Gramene 玉米产量相关性状QTL通用图谱的构建及功能候选基因的开发
2009 HTGS (GenBank) 玉米CACTA型转座子携带宿主基因片段转移新功能的发现与特性分析
GenBank 玉米ZmCBL6基因的克隆及其植物表达载体构建
GenBank 玉米对二氧化硫胁迫响应的相关cDNA克隆与分析
NCBI、MaizeGDB、
Maize Sequence (Gramene)
玉米蔗糖转运蛋白基因ZmERD6 cDNAs的克隆与逆境条件下的表达
2010 PlantGDB、
Maize Sequence (Gramene)
利用生物信息学方法进行基于表达序列标签的玉米单核苷酸多态性标记的开发
MaizeGDB 玉米Mu转座子及其在反向遗传研究中的应用
2011 GenBank 干旱和盐碱共胁迫玉米EST数据库分析
GenBank、miRBase 基于EST和GSS序列的玉米未知微RNA的数据挖掘
PDB Cd胁迫对发芽玉米抗氧化酶体系的影响分析
NCBInr、SWISS-PROT、
MSDB (MySQL)
不同抗性玉米自交系接种纹枯病菌后蛋白表达的差异分析
2012 NCBI 玉米AFB2基因的克隆、表达及功能分析
NCBI 玉米温光敏雄性不育系9417叶片叶绿体蛋白质差异分析
2013 NCBInr 盐胁迫下玉米叶片差异蛋白的双向电泳分析
Plant TFDB 玉米转录因子结构与功能研究进展
MaizeGDB、Plant GDB (ZmGDB) 玉米D亚族bZIP转录因子基因的数据库挖掘、分析、克隆与表达
Maize Sequence (Gramene) 玉米ZmCIPK42克隆及逆境胁迫后表达特异性分析
Panzea 利用核心SNP位点鉴别玉米自交系的研究
2014 NCBInr 砷胁迫对丛枝菌根接种玉米叶片蛋白表达谱的影响
MaizeGDB 玉米穗行数性状QTL的元分析
玉米EST数据库 干旱和盐碱共胁迫下玉米EST文库的构建与分析
玉米基因组数据库 甜玉米自交系含糖量的测定及甜质 等位基因的分子标记检测
TIGR、TAIR、
Maize Sequence(Gramene)
玉米BURP家族基因的鉴定和分析
2015 Gramene 基于热胁迫甜玉米雌穗发育差异表达基因的SSR标记开发
PLEXdb 玉米1,3,4-三磷酸肌醇5/6激酶ITPK 家族基因的鉴定和分析
2016 GenBank 耐盐碱转基因玉米的获得及其抗性分析
GEO、MaizeGDB 玉米新型氧甲基转移酶基因的全基因组鉴定、进化与表达研究
作物名称 发表年份 利用数据库 文献名称
玉米 2016 CDD (NCBI)、MaizeGDB、Pfam 玉米Glyco-hydro-16糖苷酶家族全基因组的 鉴定及其遗传分化
CDD (NCBI)、Gramene、Pfam 玉米 HSP70 基因家族的全基因组鉴定与分析
MaizeGDB 玉米Zmcen基因的克隆、表达与生物信息学分析
2017 NCBI 2 个玉米光敏色素 C 基因的转录丰度对多种光质处理的响应
NCBI、Phytozome 玉米ZmNAC6基因克隆及盐碱逆境胁迫下的表达分析
GenBank 转cspB基因玉米获得及其耐盐碱性分析
MaizeGDB、Pfam、Interpro 玉米FLA蛋白家族的生物信息学分析
玉米蛋白数据库 蛋白质组学分析揭示玉米籽粒发育过程中胁迫相关蛋白的表达特性
小麦 2007 NCBI 利用cDNA-RAPD方法筛选与V型小麦细胞质雄性不育育性相关的线粒体转录产物的研究
GenBank 小麦高分子量谷蛋白亚基一级结构分析
GenBank 小麦耐盐相关基因TaSTK的克隆
GenBank 小麦脂质转运蛋白cDNA结构及相应肽链构造特征的分析
GenBank 小麦种子萌发期水分胁迫诱导表达差异cDNA的研究
ACCESS 基于VB的小麦性状数据记录查询系统的设计
2008 NCBI、 SOPMA数据库 小麦液泡膜反转运蛋白基因TaNHX1的生物信息学分析
NCBI 抑制差减杂交分离赤霉病菌诱导的小麦特异表达基因
GenBank 小麦拔节过程中基部茎节的基因差异表达
GrainGenes 小麦AFLP_SCAR标记的开发及应用
MIPS 水分胁迫条件下“洛旱2号”小麦根系的基因表达谱
MSDB (MySQL) 小麦灌浆期籽粒粒重差异的代谢蛋白质组学初步研究
2009 NCBI、GenBank、GO 小麦温敏雄性不育系YM3314育性转换相关基因分析
小麦EST数据库(NCBI) 一个小麦AP2-ERF转录因子家族单独亚族基因的克隆及分析
GenBank 小麦和水稻auxin基因家族的生物信息学比较分析
GenBank 小麦品种“中国春”主要过敏原CM16基因的克隆及序列分析
NCBI、MSDB (MySQL) 不同抗寒性冬小麦品种分蘖节低温诱导蛋白比较
NCBInr、MSDB (MySQL) 小麦抗白粉病基因Pm 21抗病差异的蛋白质组学研究
MySQL 基于 JSP 技术的四川小麦种质资源信息系统的设计和实现
2010 GenBank 小麦大粒突变体的SSH文库构建及分析
GenBank 小麦铝胁迫相关基因的研究进展
MySQL 基于.NET的小麦性状数据查询分析系统的构建
2011 GenBank 小麦 RPL21 基因同源克隆与表达分析
SWISS-PROT 小麦生理型和遗传型雄性不育系及其保持系小花完整叶绿体蛋白质组分比较研究
2012 NCBI 利用基因芯片分析小麦茎秆伸长过程中的基因表达谱
NCBI 小麦TaPHYA基因亚家族的克隆及表达分析
GenBank 小麦SKC1-like基因的克隆及多样性研究
作物名称 发表年份 利用数据库 文献名称
小麦 2012 GenBank 小麦生长素结合基因 TaABP1-D的克隆、功能标记开发及其与株高的关联
NCBInr 小麦籽粒清蛋白和球蛋白表达对干旱胁迫的响应
MySQL 基于Web的小麦品种布局优化决策支持系统
2013 NCBI 小麦逆境胁迫相关基因TaCBL7的克隆、生物信息学及表达特性分析
2014 NCBI 小麦SOD基因的电子克隆及生物信息学分析
NCBI 小麦胁迫相关基因TaLEA2的克隆、生物信息学及表达特性分析
GenBank 普通小麦祖先种类TaNAC2a基因的鉴定分析和表达模式研究
GenBank 小麦高分子量麦谷蛋白亚基基因Dx5的克隆与生物信息学分析
2015 小麦基因组测序数据库 小麦R2R3-MYB转录因子TaMYB3-4D的克隆及功能分析
2016 NCBI 小麦胁迫相关基因TaSF3B2的克隆及表达特性分析
NCBI、DFCI 小麦F-box家族基因的分类及克隆分析
COG 低温胁迫下小麦幼穗中差异表达蛋白质的鉴定
ExPASy 小麦脱水素基因WDHN1-2的克隆及其表达分析
2017 EnsemblPlants 小麦锌指转录因子TaDi19A对低温的响应及其互作蛋白的筛选
突变品种数据库(MVD) 小麦诱发突变技术育种研究进展