靶向miRNA前体不同类型sgRNA的丰度及特异性评估

刘海龙,谌阳,高杨,周玲,韩晓松,赵长志,杨高娟,陈毅龙,杨慧,谢胜松

Assessing abundance and specificity of different types of sgRNA targeting miRNA precursors

Liu Hailong,Shen Yang,Gao Yang,Zhou Ling,Han Xiaosong,Zhao Changzhi,Yang Gaojuan,Chen Yilong,Yang Hui,Xie Shengsong

表2 靶向miRNA前体不同类型sgRNA的丰度特征

Table 2 The abundance characteristics of different types of sgRNA targeting miRNA precursors

PAM类型 CRISPR核酸酶 靶向miRNA不同类型sgRNA的数量(条) 靶向miRNA不同类型sgRNA的平均数(条) 含有sgRNA靶点的miRNA前体数量(个) 含有sgRNA靶点的miRNA前体百分比(%) NGA SpCas9 VQR变异体 198 751 6.94 28 379 99.07 NGAG SpCas9 EQR变异体 51 170 1.79 20 567 71.80 NGCG SpCas9 VRER变异体 20 395 0.71 10 833 37.82 NGG SpCas9和FnCas9 169 517 5.92 27 372 95.56 NGGNG St3Cas9 37 284 1.30 16 531 57.71 NNAGAAW St1Cas9 8 943 0.31 6 797 23.73 NNGRRT SaCas9 39 959 1.39 19 528 68.17 NNNNGATT NmCas9 9 840 0.34 7 391 25.80 NNNRRT SaCas9 KKH变异体 175 605 6.13 28 155 98.29 TTTN AsCpf1和LbCpf1 68 334 2.39 19 907 69.50 YG FnCas9 RHA变异体 345 025 12.04 28 602 99.85