靶向miRNA前体不同类型sgRNA的丰度及特异性评估

刘海龙,谌阳,高杨,周玲,韩晓松,赵长志,杨高娟,陈毅龙,杨慧,谢胜松

Assessing abundance and specificity of different types of sgRNA targeting miRNA precursors

Liu Hailong,Shen Yang,Gao Yang,Zhou Ling,Han Xiaosong,Zhao Changzhi,Yang Gaojuan,Chen Yilong,Yang Hui,Xie Shengsong

表4 靶向miRNA前体的不同类型成对gRNAs丰度

Table 4 The abundance of different types of paired-gRNAs targeting miRNA precursors

PAM类型 CRISPR核酸酶 靶向miRNA不同类型成对gRNAs数量(条) 靶向miRNA不同类型成对gRNAs平均数(条) 含成对gRNAs靶点的miRNA前体数量(个) 含成对gRNAs靶点的miRNA前体百分比(%) NGA SpCas9 VQR变异体 56 077 1.96 13 679 47.75 NGAG SpCas9 EQR变异体 3 210 0.11 1839 6.42 NGCG SpCas9 VRER变异体 961 0.03 598 2.09 NGG SpCas9和FnCas9 44 397 1.55 9603 33.52 NGGNG St3Cas9 1 988 0.07 1041 3.63 NNAGAAW St1Cas9 67 0.002 62 0.22 NNGRRT SaCas9 1 067 0.04 782 2.73 NNNNGATT NmCas9 0 0 0 0 NNNRRT SaCas9 KKH变异体 18 085 0.63 7558 26.39 TTTN AsCpf1和LbCpf1 2 172 0.08 672 2.35 YG FnCas9 RHA变异体 65 535 2.29 9111 31.81