从遗传力到肠菌力：概念及研究进展

文超良,孙从佼,杨宁

The concepts and research progress: from heritability to microbiability

Wen Chaoliang,Sun Congjiao,Yang Ning

表4 微生物组关系矩阵构建方法比较

Table 4 Comparison of different methods for constructing a microbial relationship matrix

测序方法 数据类型 mij计算公式 参考文献 宏基因组 Contig计数 $\frac{1}{N}\underset{o=1}{\overset{N}{\mathop \sum }}\,\frac{(log{{C}_{io}}-\overline{log{{C}_{o}}})(log{{C}_{jo}}-\overline{log{{C}_{o}}})}{\sigma _{o}^{2}}$ Cio和Cjo分别为个体i和j的第o个contig计数 Ross等[7] Gene检出与否 $\frac{1}{N}\underset{o=1}{\overset{N}{\mathop \sum }}\,{{g}_{io}}{{g}_{jo}}$ gio和gjo分别为个体i和j的第o个gene检出与否(0/1) Rothschild等[96] 16S rRNA OTU相对丰度 $\frac{1}{N}\underset{o=1}{\overset{N}{\mathop \sum }}\,\frac{({{O}_{io}}-\overline{{{O}_{o}}})({{O}_{jo}}-\overline{{{O}_{o}}})}{\sigma _{o}^{2}}$ Oio和Ojo分别为个体i和j的第o个OTU相对丰度 Wen等[87]