代谢组学在家养动物遗传育种中的应用

周萌,景军红,毛瑞涵,郭静,王志鹏

Applications of metabonomics in animal genetics and breeding

Zhou Meng,Jing Junhong,Mao Ruihan,Guo Jing,Wang Zhipeng

表2 牛、猪、鸡mGWAS研究结果汇总

Table 2 Summary of the mGWAS results in cattle, pig, and chicken

物种 动物群体 样品 代谢分子(类别) 重要候选基因 文献 牛 荷斯坦牛 牛乳 短链、中链脂肪酸 DGAT1、SCD1、PPARGC1A和FASN [33] 丹麦奶牛 牛乳 中链、长链脂肪酸 ABCG2、PPARGC1A、ACSS2、DGAT1、ACLY、SREBF1、STAT5A、GH、FASN、SCD1和AGPAT6 [34] 荷斯坦牛 牛乳 丙二酸、半乳糖-1-磷酸、顺式-乌头酸酯、肉碱、甘油磷酸胆碱 APORB [19] 荷斯坦牛 牛乳 维生素B12 LRP2、MMADHC、CD320、LMBRD1、CUBN、GIF、TCN1、MMAA、MMAB、TCN2、MTRR、AMN、MUT、ABCC1和MTR [35] 荷斯坦牛和娟姗牛 牛乳 中链、长链脂肪酸 DGAT、SCD和ACSS3 [36] 中国荷斯坦牛 牛乳 中链、长链脂肪酸 FASN、IGF1、PPARGC1A、ABCG2、SCD、HTR1B、CPM、PRKG1、MINPP1、LIPJ、LIPK、EHHADH、MOGAT1、ECHS1、STAT1、SORBS1、NFKB2、AGPAT3、CHUK、OSBPL8、PRLR、IGF1R、ACSL3、GHR和OXCT1 [37] 瑞士褐牛和 荷斯坦牛 牛乳 葡萄糖 UEVLD [38] β-羟基丁酸酯 DNAJC30和WBSCR22 非酯化脂肪酸 SANI2、UGT2B15和MGC152010 丹麦荷斯坦牛、 中国荷斯坦牛 牛乳 中链、长链脂肪酸 SEMA5B、AGPAT3、DGAT1、SREBF1、FASN、SCD1和GHR [39] 荷斯坦牛和娟珊牛 牛乳 核黄素 SLC52A3 [40] 荷斯坦牛 牛乳 甘油磷酸胆碱 APORB [41] 瑞士褐牛 荷斯坦牛 牛乳 牛乳 短链、中链脂肪酸 LEP、PRL、STAT5A、CCL3、 ACACA、GHR、ADRB2、LPIN1、 STAT1、FABP4和CSN2 [42,43] 短链脂肪酸 LARP1B和PKL4 荷斯坦牛和娟姗牛 牛乳 乳糖 ABCG2、DGAT1、STAT5B、KCNH4、NPFFR2和RNF214 [44] 日本黑牛 最长肌 中链、长链脂肪酸 FASN和SCD [45] 安格斯牛 最长肌 中链、长链脂肪酸 FASN、SCD、THRSP、 SREBP1、ACACA、PPARG、FABP4、ACSL1、LEP和LXRA [46] 安格斯牛 最长肌 磷脂 PFKFB2和CDH2 [47] 三酰基甘油 FASN、THRSP、SCD和INPP4B 内洛尔肉牛 最长肌 中链、长链脂肪酸 ELOVL5、ESSRG、PCYT1A、ABC5、ABC6和ABC10 [48] 日本黑牛 最长肌 果糖 PMP22和HS3ST3B1 [49] 中链、长链脂肪酸 FASN和SCD 日本黑牛 最长肌 牛磺酸 SLC6A6、RAB7A、RPN1和CCDC12 [50] 肌苷、次黄嘌呤 NT5E 中国西门塔尔牛 最长肌 中链脂肪酸 FASN和ELOVL5 [51] 日本黑牛 最长肌 油酸 VNN1和LYPLA1 [52] 日本黑牛 最长肌 丙氨酸 STT3B、SUV420H1、CPT1A、MRPL21和IGHMBP2 [53] 安格斯牛 最长肌、 皮下脂肪 中链、长链脂肪酸 FASN、SCD、THRSP和GCLC [54] 物种 动物群体 样品 代谢分子(类别) 重要候选基因 文献 牛 日本黑牛 肌间脂肪 油酸 FMNL1、FASN、HRNBP3和SMURF2 [55] 内洛尔肉牛 肌间脂肪 不同链长脂肪酸 SLITRK6、DHRS7、NUP214、SREBP-SCAP、GNG11、RGS5、WARS2、HMGCS2和PHGDH、HSD3B1、HAO2、GAD1、Sp5、ABCG5、GPC6、GPC4、MGCS2, PHGDH、RAPGEF2、AQP7、RORA、LOXL2、SPAG17和WDR3 [56] 韩牛 肌间脂肪 肉豆蔻酸、油酸 CCDC57和FASN [57] 夏洛莱牛×德国 荷斯坦牛F2群体 血清 精氨酸 NCAPG [58] 猪 伊比利亚猪×长白 背最长肌 中链、长链脂肪酸 DECR1、FABP4、FABP5、APOA2、USF1、FAS、MTTP、CYP2U1、PLA2G12A、PLA2、HADH、AACS和ELOVL7 [59] 伊比利亚猪×长白 背最长肌 中链、长链脂肪酸 LDLR, LIPG、ELOVL6, MGST2 KIT、RDH16和NUDT7 [60] 杜洛克× 皮特兰杂交猪 背最长肌 三羧酸循环中间 代谢产物 PIK3C3、TTLL5、PTPRT、VAPB ANK3、RASGEF1A、SAMD4A、LRGUK、AKT3、ENPP3、CREB3L2、NFE2L3、HLCS、NTNG1、GBP4、PKN2、ZNHIT6、DDAH1和WDR63 [61] 杜洛克×二花脸?F2、 杜洛克× (长白× 约克夏)、苏太猪、 二花脸猪和莱芜猪 背最长肌 不同链长脂肪酸 FADS2、SREBF1和PLA2G7 [62] 杜洛克 背最长肌 中链、长链脂肪酸 NDUFC2、FASN、ACO、RANBP9、PSMD1、WNT8B、APBB2、ROBO2、ADGRL2、LIN7A、ZNF37A和TENM2 [63] 八马香猪 背最长肌 长链脂肪酸 FADS2、FADS1、ABCD2、ELOVL7 ACSBG1、ELOVL7和ACOX2 [64] 二花脸猪 背最长肌 长链脂肪酸 FASN、ELOVL5、ELOVL6、ELOVL7、ABCD3, ABCA4和FADS2 杜洛克 背最长肌 不同链长脂肪酸 GBF1、SCD、CUEDC2、NFKB2、HPS6、ELOVL3、FBXW4、BTRC、TMEM180、ACTR1A、SUFU、TRIM8、ABCC2 PAX2、HPSE2、DNMBP和HOGA1 [65] 伊比利亚猪×长白 背最长肌、背膘 棕榈油酸 ELOVL6 [66] 杜洛克×二花脸F2和 苏太猪 背最长肌、腹脂 长链脂肪酸 ADIPOR2、ABCD2、PPARD、HMGA1、ACSBG1、ELOVL7和SCD [67] 杜洛克 皮下脂肪 不同链长脂肪酸 CPN1、PKD2L1 、PAX2、ENTPD7和SEMAG4 [68] 长白猪 皮下脂肪 棕榈油酸 ELOVL6 意大利大白猪 背膘组织 不同链长脂肪酸 ELOVL6、ACSBG1、IDH3A、SCD、ELOVL3、APBB1IP、ADIPOR2、PNLIPRP1、PNLIPRP2、PNLIP、NLIPRP3、ME3、MTMR3、INPP5J、PLA2G3和PISD [69] 公猪 颈下脂肪 雄甾酮 SULT2A1、SULT2B1、HSD17B14和CYP2A19 [70] 鸡 Fayoumi鸡 血浆 葡萄糖 TPGS2 [71] 伊朗Urmia鸡× AA鸡构成F2 血浆 甘油三酯 DOCK10和AP1S3 [72]