基于基因家族大小的比较研究脊椎动物的适应性进化
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孟玉,杨若林
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Comparative analysis of gene family size provides insight into the adaptive evolution of vertebrates
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Meng Yu,Yang Ruolin
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| 表2 物种特异性Orphan基因家族及成员基因的数量 |
| Table 2 Numbers of species-specific Orphan gene families and member genes |
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| 物种名称 | 单拷贝
基因家族 | 双拷贝
基因家族 | 多拷贝
基因家族 | Orphan基因
家族总数 | 最大Orphan
基因家族的大小 | | 萨氏海鞘(C. savignyi) | 1937 | 76 (152) | 42 (145) | 2055 (2234) | 6 | | 玻璃海鞘(C. intestinalis) | 4733 | 136 (272) | 87 (378) | 4956 (5383) | 20 | | 海七鳃鳗(P. marinus) | 1243 | 32 (64) | 34 (201) | 1309 (1508) | 22 | | 眼斑雀鳝(L. oculatus) | 892 | 41 (82) | 20 (107) | 953 (1081) | 17 | | 墨西哥丽脂鲤(A. mexicanus) | 2502 | 50 (100) | 26 (106) | 2578 (2708) | 9 | | 斑马鱼(D. rerio) | 1343 | 86 (172) | 95 (853) | 1524 (2368) | 67 | | 大西洋鳕鱼(G. morhua) | 1443 | 27 (54) | 16 (70) | 1486 (1567) | 10 | | 红鳍东方鲀(T. rubripes) | 423 | 20 (40) | 11 (66) | 454 (529) | 14 | | 绿河鲀(T. nigroviridis) | 1366 | 31 (62) | 14 (59) | 1411 (1487) | 7 | | 尼罗罗非鱼(O. niloticus) | 599 | 45 (90) | 25 (206) | 669 (895) | 71 | | 三刺鱼(G. aculeatus) | 940 | 20 (40) | 11 (52) | 971 (1032) | 12 | | 青鱂(O. latipes) | 1218 | 51 (102) | 49 (308) | 1318 (1628) | 23 | | 月光鱼(X. maculatus) | 431 | 6 (12) | 1 (3) | 438 (446) | 3 | | 美帆鱂(P. formosa) | 693 | 66 (132) | 22 (122) | 781 (947) | 30 | | 腔棘鱼(L. chalumnae) | 866 | 58 (116) | 69 (557) | 993 (1539) | 77 | | 热带爪蟾(X. tropicalis) | 632 | 53 (106) | 95 (1052) | 780 (1790) | 141 | | 绿安乐蜥(A. carolinensis) | 943 | 39 (78) | 36 (286) | 1018 (1307) | 45 | | 中华鳖(P. sinensis) | 884 | 31 (62) | 31 (281) | 946 (1227) | 45 | | 白领姬鹟(F. albicollis) | 501 | 7 (14) | 1 (3) | 509 (518) | 3 | | 斑胸草雀(T. guttata) | 1660 | 31 (62) | 26 (334) | 1717 (2056) | 52 | | 绿头鸭(A. platyrhynchos) | 695 | 3 (6) | 2 (7) | 700 (708) | 4 | | 鸡(G. gallus) | 759 | 9 (18) | 13 (62) | 781 (839) | 11 | | 火鸡(M. gallopavo) | 397 | 1 (2) | 2 (6) | 400 (405) | 3 | | 鸭嘴兽(O. anatinus) | 3834 | 52 (104) | 40 (241) | 3926 (4179) | 22 | | 家短尾负鼠(M. domestica) | 1428 | 43 (86) | 37 (430) | 1508 (1944) | 236 | | 袋獾(S. harrisii) | 1294 | 24 (48) | 11 (47) | 1329 (1389) | 9 | | 尤金袋鼠(M. eugenii) | 709 | 9 (18) | 2 (8) | 720 (735) | 5 | | 九带犰狳(D. novemcinctus) | 1978 | 68 (136) | 51 (238) | 2097 (2352) | 16 | | 霍氏树懒(C. hoffmanni) | 652 | 12 (24) | 4 (13) | 668 (689) | 4 | | 小马岛猬(E. telfairi) | 1343 | 33 (66) | 29 (180) | 1405 (1589) | 23 | | 非洲草原象(L. africana) | 561 | 24 (48) | 14 (71) | 599 (680) | 14 | | 非洲蹄兔(P. capensis) | 543 | 7 (14) | 4 (27) | 554 (584) | 14 | | 刺猬(E. europaeus) | 694 | 13 (26) | 2 (8) | 709 (728) | 5 | | 鼩鼱(S. araneus) | 699 | 22 (44) | 15 (75) | 736 (818) | 11 | | 野猪(S. scrofa) | 1619 | 37 (74) | 1 (4) | 1657 (1697) | 4 | | 羊驼(V. pacos) | 399 | 7 (14) | 3 (25) | 409 (438) | 16 | | 宽吻海豚(T. truncatus) | 222 | 0 (0) | 1 (4) | 223 (226) | 4 | | 绵羊(O. aries) | 1222 | 27 (54) | 6 (31) | 1255 (1307) | 9 | | 牛(B. taurus) | 611 | 16 (32) | 6 (33) | 633 (676) | 13 | | 物种名称 | 单拷贝
基因家族 | 双拷贝
基因家族 | 多拷贝
基因家族 | Orphan基因
家族总数 | 最大Orphan
基因家族的大小 | | 小棕蝠(M. lucifugus) | 976 | 41 (82) | 25 (202) | 1042 (1260) | 65 | | 大狐蝠(P. vampyrus) | 282 | 12 (24) | 1 (4) | 295 (310) | 4 | | 马(E. caballus) | 492 | 12 (24) | 28 (1055) | 532 (1571) | 514 | | 家猫(F. catus) | 1049 | 10 (20) | 6 (26) | 1065 (1095) | 8 | | 狗(C. l. familiaris) | 1334 | 16 (32) | 4 (27) | 1354 (1393) | 15 | | 大熊猫(A. melanoleuca) | 761 | 7 (14) | 0 (0) | 768 (775) | 2 | | 雪貂(M. p. furo) | 2011 | 8 (16) | 4 (14) | 2023 (2041) | 4 | | 北美鼠兔(O. princeps) | 538 | 11 (22) | 6 (21) | 555 (581) | 4 | | 穴兔(O. cuniculus) | 841 | 31 (62) | 24 (137) | 896 (1040) | 17 | | 豚鼠(C. porcellus) | 657 | 25 (50) | 21 (108) | 703 (815) | 12 | | 斑纹地松鼠(I. tridecemlineatus) | 455 | 10 (20) | 6 (20) | 471 (495) | 4 | | 奥氏更格卢鼠(D. ordii) | 516 | 12 (24) | 6 (30) | 534 (570) | 9 | | 褐家鼠(R. norvegicus) | 1054 | 59 (118) | 36 (218) | 1149 (1390) | 26 | | 小鼠(M. musculus) | 752 | 40 (80) | 39 (339) | 831 (1171) | 104 | | 树鼩(T. belangeri) | 835 | 16 (32) | 13 (130) | 864 (997) | 78 | | 小耳大婴猴(O. garnettii) | 805 | 15 (30) | 5 (40) | 825 (875) | 20 | | 倭狐猴(M. murinus) | 576 | 12 (24) | 3 (12) | 591 (612) | 5 | | 菲律宾眼镜猴(T. syrichta) | 574 | 15 (30) | 8 (45) | 597 (649) | 16 | | 狨猴(C. jacchus) | 1591 | 36 (72) | 12 (57) | 1639 (1720) | 8 | | 绿猴(C. sabaeus) | 359 | 1 (2) | 0 (0) | 360 (361) | 2 | | 恒河猴(M. mulatta) | 1699 | 36 (72) | 26 (149) | 1761 (1920) | 12 | | 东非狒狒(P. anubis) | 359 | 0 (0) | 0 (0) | 359 (359) | 0 | | 白颊长臂猿(N. leucogenys) | 421 | 3 (6) | 1 (3) | 425 (430) | 3 | | 苏门答腊猩猩(P. abelii) | 819 | 29 (58) | 1 (9) | 849 (886) | 9 | | 西非低地大猩猩(G. g. gorilla) | 950 | 25 (50) | 4 (18) | 979 (1018) | 6 | | 黑猩猩(P. troglodytes) | 297 | 6 (12) | 4 (13) | 307 (322) | 4 | | 人(H. sapiens) | 332 | 41 (82) | 15 (61) | 388 (475) | 12 |
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