全转录组学在畜牧业中的应用

石田培,张莉

Application of whole transcriptomics in animal husbandry

Shi Tianpei,Zhang Li

表1 差异表达分析软件

Table 1 Softwares for differential expression analysis

软件名称 所属类型 原理方法 特点 edgeR R-Bioconductor 负二项计数 高保守性 DESeq R-Bioconductor 负二项计数 高保守性,低假阳性 DESeq2 R-Bioconductor 负二项计数 保守性较高 tweeDESeq R-Bioconductor 特威迪分布族计数 普适性差 ebSeq R-Bioconductor 异构体反褶积 可反应差异表达的异构体 Limma[73] R-Bioconductor 连续数据的线性模型 需要将计数转换成连续的值 SAMSeq[74] R包 非参数检验 需要多次重复 Cuffdiff Linux命令行 异构体反褶积 可反应差异表达的异构体及基因