常用肿瘤基因分析方法及基于TCGA数据库的分析应用

李鑫,李梦玮,张依楠,徐寒梅

Common cancer genetic analysis methods and application study based on TCGA database

Li Xin,Li Mengwei,Zhang Yinan,Xu Hanmei

表1 基因差异表达分析方法优缺点

Table 1 Advantages and disadvantages of gene differential expression analysis methods

分析方法 优点 缺点 倍数法 计算量小,一般用于大规模初筛 具体阈值较难确定 t检验法 能充分利用样本信息,检验效率高 在数据量较小时,对总体方差的估计不准确 方差分析 不受比较组数的限制,且可以同时分析多个因素的作用 多重假设检验可能带来放大的假阳性率 SAM法 假阳性率低 诊断能力较差,ROC指数相对偏低 贝叶斯法 样本量小时也可得到较好的分析结果 对卡方分布和指数分布的数据不敏感 信息熵法 无需样本的类别信息即可进行筛选 不能得到差异表达的基因