环状RNA的产生、研究方法及功能

刘旭庆,高宇帮,赵良真,蔡宇晨,王汇源,苗苗,顾连峰,张航晓

Biogenesis, research methods, and functions of circular RNAs

Liu Xuqing,Gao Yubang,Zhao Liangzhen,Cai Yuchen,Wang Huiyuan,Miao Miao,Gu Lianfeng,Zhang Hangxiao

表1 环状RNA的识别软件

Table 1 The softwares for circRNA identification

工具名称 网址 特点 文献 MapSplice http://www.netlab.uky.edu/p/bioinfo/MapSplice 标记比对(tag alignment)和剪接推理(splice inference)两步法 [1,66] find_circ https://github.com/marvin-jens/find_circ 只需基因组的fasta序列,独立于基因注释信息运行 [68] CIRCfinder https://github.com/YangLab/CIRCfinder 识别内含子环状RNA [18] circRNA_ finder https://github.com/orzechoj/circRNA_finder.git 准确性高,独立于基因注释信息运行 [70] segemehl www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/segemehl/ 能识别环状RNA,检测剪接、反式剪接及基因融合事件 [71] KNIFE https://github.com/lindaszabo/KNIFE 依赖Bowtie2进行多阶段校正,结合读段映射质量和校正质量进行环状RNA的静态建模检测 [73] DCC https://github.com/dieterich-lab/DCC 依赖于过滤器和跨重复集合的整合数据,可以评估环状RNA和宿主基因之间的表达量 [75] Acfs https://code.google.com/p/acfs/ 允许从头测序,从单端和双端RNA数据中准确鉴定环状RNA及进行丰度定量 [77] UROBORUS RNA http://uroborus.openbioinformatics.org/ 基于总RNA测序数据,能精确预测到低表达的环状RNA,不能预测内含子环状RNA及基因间隔区形成的环状RNA [79] PcircRNA_ finder http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/tools/manual.htm 双末端交叉映射,精确预测植物中的外显子环状RNA [67] Circseq_cup http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/ 基于反向剪接RNA-seq和双末端RNA-seq数据,组装环状RNA全长序列 [45] FUCHS https://github.com/dieterich-lab/FUCHS 基于长读段测序数据,分析环状RNA内选择性剪接事件,分析单、双断点事件,分析环状RNA的读取覆盖率 [69] CIRI-full https://sourceforge.net/projects/ciri-full/ 识别环状RNA,全长组装,定量环状RNA的选择性剪接产物 [63] CircExplorer2 https://github.com/YangLab/CIRCexplorer2 整合了多种比对算法,侦测环状RNA的选择性剪接,能de nove组装环状RNA全长转录本 [72] CIRI2 https://sourceforge.net/projects/ciri/files/CIRI2 基于多种子匹配策略、最大似然估计模型,识别反向剪接读段,能过滤来自重复序列和映射误差的误报 [74] CircView http://gb.whu.edu.cn/CircView/或 https://github.com/GeneFeng/CircView 根据物种注释信息展现环状RNA的结构,允许用户查看环状RNA的调控元件及预测其潜在功能 [76] PRAPI http://www.bioinfor.org/bioinfor/tool/PRAPI/ 进行环状RNA的矢量绘图 [78] CircSplice http://gb.whu.edu.cn/CircSplice或 https://github.com/GeneFeng/CircSplice 特异性识别环状RNA内部选择性剪接事件,可实现环状RNA选择性剪接事件的组间差异比较 [64]