染色质架构蛋白CTCF调控UGT1基因簇的表达

郑晓飞,黄海燕,吴强

Chromatin architectural protein CTCF regulates gene expression of the UGT1 cluster

Zheng Xiaofei,Huang Haiyan,Wu Qiang

图2 CRISPR删除hCBS1片段对人细胞系A549中UGT1基因簇转录的影响 A：CRISPR删除hCBS1片段所使用的成对sgRNA (sgCIF和sgC1D)以及各鉴定引物的位置示意图;B：hCBS1片段删除示意图。Cas9在sgCIF和sgC1D引导下,特异性识别hCBS1片段两侧靶标位置并切割产生两个切口,两个切口连接到一起形成hCBS1片段删除的编辑细胞;C：hCBS1片段删除的单克隆A549细胞株C1D2和C1D3的基因型鉴定结果。野生型A549细胞(WT)和hCBS1片段原位反转型A549细胞(C1I5)被作为PCR鉴定对照;用C1F8/C1R9或C1F2/C1R引物对可在WT中扩增出切点处151 bp或301 bp片段,用C1F8/C1F2或C1R/C1R9可在C1I5中扩增出反转后剪接处的219 bp或233 bp片段,C1D2和CID3中未检测到以上4个片段;用hCBS1片段两侧引物C1F8/C1R可在WT和C1I5中扩增出1229 bp条带,C1D2和CID3中扩增条带缩短为290 bp;D：C1F8/C1R在C1D2和C1D3细胞中的扩增产物的测序结果示意图;E：RNA-seq数据分析比较WT和C1D2或C1D3细胞中UGT1基因簇的转录水平。

Fig. 2 Effect of CRISPR deletion of hCBS1 fragment on the transcription of human UGT1 gene cluster in A549 cell line