染色质架构蛋白CTCF调控UGT1基因簇的表达

郑晓飞,黄海燕,吴强

Chromatin architectural protein CTCF regulates gene expression of the UGT1 cluster

Zheng Xiaofei,Huang Haiyan,Wu Qiang

图4 小鼠Ugt1基因簇内CTCF结合位点分布和方向性预测 A：人和小鼠UGT1基因簇内各同工酶基因的线性进化关系示意图。人UGT1位于2号染色体,小鼠Ugt1位于1号染色体,它们都类似于原钙粘蛋白基因簇,由可变区和恒定区组成,可变区内串联排列着9个高度相似的可变区外显子,下游恒定区包含4个恒定区外显子。人UGT1基因簇可变区还有4个假基因和1个残骸(relic)序列,而小鼠Ugt1可变区含有5个假基因和4个残骸序列。垂直框代表UGT1基因簇外显子并用不同颜色标记,绿色表示苯酚组可变外显子,橘黄色表示胆红素组可变外显子,红色表示恒定外显子,灰色表示假基因或残骸序列,分别用Ψ和r表示,直系同源基因之间由黑色虚线相连,蓝色三角形表示CBS方向;B：小鼠Ugt1基因簇内CBS分布。小鼠B细胞淋巴瘤CH12、GATA 1-红系祖细胞G1E和第0天的胚胎干细胞ES-B4 E0,以及小鼠(C57BL/6)8周龄心脏、肾脏、肝脏和肺的CTCF ChIP-seq数据显示小鼠Ugt1基因簇内至少有11个CTCF可结合位点：mCBS1~11,每个CBS方向由下方蓝色三角形指示;C：小鼠Ugt1基因簇内正向CBS序列及方向性预测。Module#1~4的CBS定义为正向CBS;D：小鼠Ugt1基因簇内反向CBS序列及方向性预测。Module#4~1的CBS定义为反向CBS。

Fig. 4 Distributions and orientations of the CTCF binding sites(CBSs)in mouse Ugt1 gene cluster