国家基因库:共有、共为、共享
王博,刘芳,张二春,沃晨亮,陈振家,钱璞毅,卢浩荣,曾文君,陈泰,危金普,万仟,王韧,徐讯

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Wang Bo,Liu Fang,Zhang Erchun,Wo Chenliang,Chen Jason,Qian Puyi,Lu Haorong,Zeng Wenjun,Chen Tai,Wei Jinpu,Wan Qian,Wang Ren,Xu Xun
表1 专业生物信息数据库及数据分析平台列表
Table 1 List of professional biological information databases and data analysis platforms
数据库 数据库简介
千种植物数据库(1000 Plants, OneKP) OneKP是一个国际多学科联盟项目,对超过1000种植物进行了大规模测序研究。数据库基于千种植物数据构建了在线BLAST平台,提供在线BLAST服务。
谷子数据库(Millect Database, MilletDB) MilletDB创新地将谷子的表型和基因型贯穿起来,通过谷子的表型信息可以查询和检索谷子的基因型信息,通过基因型可以查到对应的表型信息。
万种鸟基因组数据库
(Bird 10 000 Genomes, B10K)
B10K将完成整个鸟类生物的基因组水平生命树,解读遗传变异与表型变异之间的联系。
千种鱼转录组计划
(Transcriptomes of 1000 fishes, FishT1K)
FishT1K数据库将建立专门针对鱼类组学研究的数据存储,应用,深化对鱼类的比较生理学、生物地理学认识,促进鱼类资源医用价值的挖掘、经济和生态价值的开发,以及生物多样性保护等问题的解决。
炎黄中国人基因频率数据库
(Chinese Millionome Database, CMDB)
CMDB是由BGI构建的迄今为止最大规模的中国基因组数据库,数据存放于国家基因库。CMDB通过分析数百万中国人的测序数据,提供定期、有用的变异信息和科学见解。
癌症数据集成与整合分析平台
(Data Integration Solution for Systematic
Exploration of Cancer Traits, DISSECT)
DISSECT已在中国内地首次建立ICGC Data Portal(目前最大规模的癌症基因组数据库)镜像站点,为国内研究者提供重要的资源渠道。
免疫数据库
(Pan Immune Repertoire Database, PIRD)
PIRD主要关注人体相关的免疫数据,收集了多种疾病的BCR和TCR测序数据,与及对应个体的实验信息,表型信息等。
罕见病数据库
(Genetic Disease and Rare Disease, GDRD)
GDRD是一个综合的遗传病和罕见病研究与应用平台。整理了共计约7000余篇文献,1万多个致病变异,近300个遗传病家系的信息。
微生物组数据库(Microbiome Database, MDB) MDB是一个关注人体共生微生物研究的数据库,提供该领域相关的样本和微生物数据,以及一个迄今为止最完整的人肠道微生物基因集。
病原数据库(Pathogen Variation Database, PVD) PVD整合了各种病原微生物的基因数据及相关的注释信息,提供全面的基因测序数据的病原鉴定功能,通过数据分析和可视化手段,一目了然地展示鉴定结果。