碱基编辑系统研究进展
宗媛,高彩霞

Progress on base editing systems
Zong Yuan,Gao Caixia
表3 碱基编辑系统在动物、植物和细菌中的应用
Table 3 Applications of base editing systems in animals, plants and bacteria
物种 BE名称 靶基因 参考文献啊
小鼠(Mus musculus) BE3 DmdTyrVistaCd160CTNNB1Hist1H3Hist2H3Carm1Pcsk9HpdPsen1Hoxd13ArGfapLmnaMecp2Tnni3Abcd1Atoh1OtofSlc26a5 [48,51,52,
56,57,59]
小鼠(Mus musculus) SaBE3 Tyr [49]
小鼠(Mus musculus) SaKKH-BE3 Pah [60]
小鼠(Mus musculus) HF2-BE2 Tyr [58]
小鼠(Mus musculus) Target-AID Psen1 [59]
小鼠(Mus musculus) VQR-BE3 Psen1 [59]
小鼠(Mus musculus) hA3A-BE3-Y130F Tyr、Hoxd13、Ar、Gfap、Dmd、Lmna、Mecp2、Tnni3Abcd1 [61]
兔子(Oryctolagus cuniculus) BE3 Mstn、Dmd、Tia1、TyrLmna [62]
兔子(Oryctolagus cuniculus) BE4-Gam DmdTia1 [62]
兔子(Oryctolagus cuniculus) hA3A-eBE Tyr [64]
兔子(Oryctolagus cuniculus) hA3A-eBE-Y130F TyrLmnaMstn [64]
兔子(Oryctolagus cuniculus) hA3A-eBE-N57G (eA3A-BE3) TyrLmnaMstn [64]
兔子(Oryctolagus cuniculus) eAID-BE4max Tyr [65]
兔子(Oryctolagus cuniculus) exBE4 Tyr [63]
兔子(Oryctolagus cuniculus) A3G-BE4max DmdTyr [42]
猪(Sus scrofa domastica L.) BE3 Twist2Tyr、TYR、LMNA、RAG1、RAG2、IL2RGpol [66,67]
羊(Capra hircus L.) BE3 SOC2 [68,69]
斑马鱼(Barchydanio rerio var) BE3 Twist2Gdf6NtlTyr [70]
斑马鱼(Barchydanio rerio var) VQR-BE3 Twist2Tial1Urod [70]
斑马鱼(Barchydanio rerio var) Targeted-AID chdoep [71]
非洲爪蟾(Xenopus laevis) BE3 Tyrtp53、tbx5、Apc、cyp1b1、tbx22、kcnj、hhex、sftpbptf1a/p48 [72,73]
家蚕(Bombyx mori L.) BE3 BmGAPDHBmV-ATPase B [43]
海胆(Strongylocentrotus purpuratus) CRISPR/Cas9-DA (Targeted-AID) SpAlx1、SpDshSpPKS [45]
水稻(Oryza.sativa L.) BE3 (PBE/CBE-P1) OsCDC48、OsNRT1.1B、OsSPL14、OsSLR1、OsPDS、OsSBEIIbOsSNB [75~77,82]
水稻(Oryza sativa L.) Targeted-AID OsALS、OsWaxyOsFTIP1e [87~89]
水稻(Oryza sativa L.) BE3-ΔUGI OsNRT1.1BOsSLR1 [76]
水稻(Oryza sativa L.) CBE-P3 (VQR-BE3) PMS3 [30]
水稻(Oryza sativa L.) A3A-PBE OsAAT、OsCDC48、OsDEP1、OsNRT1.1B、OsOD、OsEVOsHPPD [28]
水稻(Oryza sativa L.) rBE9 (hAID*Δ-XTEN-Cas9n-NLS) OsAOS1、OsJAR1、OsJAR2OsCOI2 [40]
水稻(Oryza sativa L.) xBE3/xCas9(D10A)-PmCDA1 OsGS3、OsDEP1、LF、IAA13、SPL7、SPL4MADS57 [74,78]
水稻(Oryza sativa L.) CBE-NG/rBE22/nSpCas9-NGv1-AID/Cas9-NG(D10A)-PmCDA1-UGI OsDEP1、OsEPSPS、OsPDS、OsCERK1、GSK4、ETR2、MPK11、MPK7、MPK10、MPK8、SERK1、SERK2、RLCK185、BZR1、Os03g020040、LF、IAA13、SPL7、SNBPMS3 [74,77,
78,92]
小麦(Triticum aestivum L.) PBE TaLOX2 [82]
小麦(Triticum aestivum L.) A3A-PBE TaALS、TaMTL、TaLOX2、TaDEP1、TaHPPD、TaVRN1-A1TaACC [28]
玉米(Zea mays L.) PBE ZmCENH3 [82]
马铃薯(Solanum tuberosum L.) A3A-PBE StALSStGBSS [28]
马铃薯(Solanum tuberosum L.) BE3 GBSS [82]
马铃薯(Solanum tuberosum L.) Target-AID StALS [90]
番茄(Lycopersicon esculentum Mill.) Target-AID DELLAETR1SlALS [87,90]
拟南芥(Arabidopsis thaliana) BE3 AtALS、AtHAB1、AtT30G6.16、AtRS31AAtAct2 [84,104]
西瓜(Citrullus lanatus L.) BE3 ALS [85]
棉花(Gossypium hirsutum L.) BE3 GhCLAGhPEBP [86]
细菌(大肠杆菌, Escherichia coli ) Target-AID GalK、rpoB、xylB、manA、pta、adhEtpiA [93]
细菌(大肠杆菌, Escherichia coli) BE3 tetArppH [94]
细菌(羊布鲁式杆菌,
Brucella melitensis)
BE3 virB10 [94]
细菌(金黄色葡萄球菌,
Staphylococcus aureus)
BEC (BE3-ΔUGI) agrA、cntAesaD [95]
细菌(假单胞杆菌,
Pseudomonas aeruginosa)
BEC (BE3-ΔUGI) rhlR、rhlB、cadR、ompR、per、aspC、gacAhrpL [96]
细菌(肺炎杆菌,
Klebsiella pneumoniae)
BE3 fosA、bhaKbla [97]
真菌(黑曲霉丝状真菌,
Aspergillus niger)
BEC (BE3) pyrG、fwnAprtT [47]
小鼠(Mus musculus) ABE7.10 Tyr、Dmd、AR、Hoxd13、Hbb-bsFah [49,111,113]
小鼠(Mus musculus) VQR-ABE Hbb-bs [114]
小鼠(Mus musculus) SaKKH-ABE Otc [114]
大鼠(Pattus norveqicus) ABE7.10 Gaa、HemgnNdst4 [114, 115]
兔子(Oryctolagus cuniculus) ABE7.10 Dmd、OtcSod1 [62]
兔子(Oryctolagus cuniculus) exABE Tyr、DmdAPP [63]
斑马鱼(Barchydanio rerio var) zABE7.10 ddx17-g1、musk、rps14、atp5bwu:fc01d11 [116]
斑马鱼(Barchydanio rerio var) zABE7.10max Musk、rps14、atp5bwu:fc01d11 [116]
斑马鱼(Barchydanio rerio var) zABE7.10-GE Musk、rps14、atp5bwu:fc01d11 [116]
水稻(Oryza sativa L.) ABE7.10 OsSPL14、SLR1、OsSPL16、OsSPL18、LOC_Os02g24720、OsMPK6、OsMPK13、OsSERK2OsWRKY45 [117,118]
水稻(Oryza sativa L.) PABE-7 OsACC、OsALS、OsCDC48、OsAAT、OsEV、OsOD、OsDEP1OsNRT1.1B [108]
水稻(Oryza sativa L.) ABE-P2 (ABEsa) OsSPL14OsSPL17 [117]
水稻(Oryza sativa L.) ABE-P3 (VQR-ABE) OsSPL14、OsSPL16、OsSPL17和OsSPL18 [30]
水稻(Oryza sativa L.) ABE-P4 (VRER-ABE) OsTOE1OsIDS1 [30]
水稻(Oryza sativa L.) ABE-P5 (SaKKH-ABE) SNB [30]
水稻(Oryza sativa L.) ABE-NG OsSPL14、LF1、OsIAA13OsSPL7 [74]
水稻(Oryza sativa L.) ABE-NG-S OsSPL14、LF1、OsIAA13OsSPL7 [74]
小麦(Triticum aestivum L.) PABE-7 TaDEP1、TaEPSPSTaGW2 [108]
拟南芥(Arabidopsis thaliana) ABE7.10 AtALS、AtPDS、AtFTAtLFY [119]
油菜(Brassica campestris L.) ABE7.10 BnALSBnPDS [119]