| edgeR | http://bioconductor.org/packages/edgeR/ | 数字基因表达数据的经验分析R包,常用于基于计数型数据和负二项分布模型进行差异统计 | [79] |
| DESeq2 | http://bioconductor.org/packages/DESeq2/ | 基于负二项分布的差异基因表达分析R包,与edgeR包类似 | [80] |
| limma | http://bioconductor.org/packages/limma/ | 基于线性模型分析芯片数据R包,可用于微生物组数据差异比较 | [81] |
| lme4 | https://github.com/lme4/lme4/ | 拟合线性和广义线性混合效应模型,可结合已知影响因素数据校正的差异比较 | [82] |
| STAMP | http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP | 图型界面的微生物组统计与可视化软件,跨平台,Windows中安装方便,但不支持中文,Linux/Mac中安装困难 | [83]. |
| LEfSe | https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse | 微生物组生物标记挖掘工具,支持Linux命令行、网页界面、多组比对,结果可视化为柱状图和进化分枝图 | [84] |
| GraPhlAn | https://bitbucket.org/nsegata/graphlan | 进化分枝图可视化工具 | [85] |
| MicrobiomeAnalyst | http://www.microbiomeanalyst.
ca/ | 在线微生物组特征表分析平台,支持几十种常用分析和可视化,可导出网页版分析报告 | [86] |
| igraph | https://igraph.org/r/ | 网络图可视化平台,可在R语言中可实现网络图可视化、布局和细节调整 | [96] |
| Cytoscape | https://cytoscape.org/ | 网络分析和可视化图型界面分析平台,功能强大,跨平台,扩展插件丰富 | [92] |
| Gephi | https://gephi.org/ | 网络分析和可视化软件,样式比较美观 | [97] |
| MAFFT 7 | https://mafft.cbrc.jp/alignment/
software/ | 多序列对齐软件,序列对齐速度快 | [101] |
| MUSCLE | https://www.drive5.com/muscle/ | 多序列对齐软件,序列对齐速度快 | [102] |
| IQ-TREE | http://www.iqtree.org/
http://iqtree.cibiv.univie.ac.at/ | 进化树构建,在运行速度上有较明显的优势,跨平台,速度快,提供在线版 | [104,105] |
| iTOL | https://itol.embl.de/ | 进化树可视化、编辑和美化工具,功能全面,支持结果生成分享链接 | [107] |
| randomForest | https://cran.r-project.org/web/
packages/randomForest/ | 实现随机森林分类和回归分析的R包 | [114] |