微生物组数据分析方法与应用

刘永鑫,秦媛,郭晓璇,白洋

Methods and applications for microbiome data analysis

Liu Yongxin,Qin Yuan,Guo Xiaoxuan,Bai Yang

图1 微生物组研究方法概述 A：微生物组常用的研究层面和对应方法。微生物组按研究层面主要分为微生物培养、DNA和mRNA等3个层面;按研究技术主要包括培养组学(culturome)、扩增子(amplicon)、宏基因组(metagenome)、宏病毒组(metavirome) 和宏转录组(metatranscriptome)等测序技术[1,12]。B：微生物组研究的基本步骤。基于测序技术为基础的微生物组研究,主要分为样本制备、测序、数据处理和统计分析4个阶段。C：微生物组数据分析的基本步骤、常用环境和思想。组学数据分析主要分3步,图中箭头上描述了实现分析的常用语言环境Shell和/或R;图中箭头下展示各步分析的目的,即通过降维和可视化的基本思想,实现将大数据转化为可读图表。

Fig. 1 Methods in microbiome research