| 技术 | 互作方式 | 覆盖范围 | 检测方法 | 技术优势 | 技术局限 | 研究应用 | | Hi-C | 全部互作
(all vs. all) | 全基因
组范围 | 新一代
测序技术 | 可以获得较高分辨率的互作矩阵 | 需大量细胞进行建库,以产出较高分辨率Hi-C矩阵。基于由此得到的高分辨率Hi-C矩阵,所反映的染色体(质)特征为大量组织样本中大量细胞的平均值;使用限制性内切酶对染色体进行剪切时,可能会由于酶的剪切偏好性,对互作结果产生一定程度的影响 | 可产出较高分辨率互作矩阵,用以分析目前已知的各级染色体(质)构型(compartment、TAD、chromatin loop等);Hi-C技术亦可用于辅助基因组拼接 | | scHi-C | 可以获得单个细胞的互作热图,观察单个细胞内的染色体(质)特征 | 单个细胞中DNA含量较少,无法绘制较高分辨率的Hi-C热图,所以无法分析需要较高分辨率下可以分析的TAD结构或chromatin loop结构;使用限制性内切酶对染色体进行剪切时,可能会由于酶的剪切偏好性,对互作结果产生一定程度的影响。 | 可研究单个细胞内的染色体(质)构型,可以更精准的阐述染色体(质)构型特征 | | ChIA-PET | 特定蛋白介导的全部互作(many vs. all) | 可以构建已知转录因子介导的染色体(质)互作网络;由于使用超声的方法进行机械破碎,不会由于限制性内切酶的剪切偏好性对互作结果产生影响;具有更高的分辨率(100 bp水平)[15] | 由于ChIA-PET实验优先使用特异性的蛋白抗体,其选择性捕获与目标蛋白交联在一起的DNA片段,可能会忽略其他的互作 | 主要包含靶蛋白结合位点和由靶蛋白介导的结合位点之间的染色质相互作用信息 |
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