基于生物信息学的Hi-C研究现状与发展趋势

吕红强, 郝乐乐, 刘二虎, 吴志芳, 韩九强, 刘源

Current status and future perspectives in bioinformatical analysis of Hi-C data

Lyu Hongqiang, Hao Lele, Liu Erhu, Wu Zhifang, Han Jiuqiang, Liu Yuan

表3 染色质环识别方法

Table 3 Methods for identification of chromatin loops

方法 分类 特点 实现语言 典型程序 Fit-HiC 显著交互 基于二项分布 R,Python Fit-HiC HiCCUPS 显著交互 基于泊松分布 Java Juicebox HIPPIE 显著交互 基于负二项分布 R,Perl HIPPIE dffHiC 差异交互 基于负二项分布 R diffiHic CISD_loop 显著交互 基于支持向量机模型 R,Python CISD_loop FIND 差异交互 基于泊松分布 R FIND