| Harris等[33] | 50 | 细菌(25);
泉古菌门(1);
广古菌门(7);
真核生物(3) | 与所分析基因相关 | 单基因分析;
最大似然法;
最大简约法;
距离法 | 3D | 选取数据范围从此前的SSU rRNA扩展到其
他基因 | 当时的基因数据有限,单基因分析可靠性不强 |
Ciccarelli
等[34] | 31 | 细菌(150);
泉古菌门(4);
广古菌门(14);
真核生物(23) | 8090 | 分散基因串联 | 3D | 取样物种广泛,
增加了客观的
HGT过滤方法 | 先在域内对齐序列,跨域整合时可能将非同源基因对齐 |
| Yutin等[35] | 136 | 与所用基因
相关 | 与所分析基因相关 | 单基因分析;
最大似然法 | 3D | 数据集丰富,分析的基因数目多 | 单个基因提供的系统发育信号弱 |
| Rivera和Lake[36] | Archaeoglobus fulgidus全基因组 | 细菌(2);
泉古菌门(1);
广古菌门(2);
真核生物(2) | 不适用 | 基因组条件
重建 | 2D;
真核生物与泉古菌门为姐妹群 | 使用全基因组
分析 | 取样物种少,受HGT和基因丢失影响大 |
| Pisani等[37] | 未提供数据 | 细菌(97);
泉古菌门(4);
广古菌门(17);
真核生物(17) | 与所分析基因相关 | 超树法
(Supertree) | 2D;
真核生物与广古菌门为姐妹群 | 综合众多数据集信息,在单基因
树基础上建立二级树 | 过滤步骤后剩余的有效数据少,且拥有单基因分析的局限性 |
| Cox等[38] | 45 | 细菌(10);
泉古菌门(3);
广古菌门(11);
真核生物(16) | 5521 | 分散基因串联;
贝叶斯方法;
最大似然法;
最大简约法 | 2D;
真核生物与泉古菌门为姐妹群 | 除简单模型外使用了更多更复杂的模型,首例使用新模型证明了2D系统结果 | 复杂模型的参数估计的精确性难以保证 |
| Foster等[39] | 41 | 细菌(8);
泉古菌门(8);
奇古菌门(2);
广古菌门(6);
真核生物(11) | 5222 | 分散基因串联;
贝叶斯方法;
最大似然法;
最大简约法 | 2D;
真核生物是一个由泉古菌门和奇古菌门构成的群的姐妹群 | 同上,作者相同,选取的数据更多,使用了新发现的古细菌门类数据 | 复杂模型的参数估计的精确性难以保证 |