| MNase-seq | 双端或
单端测序 | 1. 对染色质进行MNase酶切
2. 文库构建
3. 凝胶电泳筛选单核小体长度片段 | 1. 可以对全基因组范围内核小体进行测量
2. 技术难度较小
3. 酶切特性使其具有较高分辨率 | 1. 传统方法需要大量
细胞
2. 无法分辨核小体与其他DNA-蛋白质复合物
3. 容易造成技术误差 | [7,22~25] |
| ChIP-seq | 双端或
单端测序 | 1. 甲醛交联
2. 超声将染色质片段化
3. 利用特异性抗体沉淀特定蛋白质 | 1. 方法较成熟,适用范围
广泛
2. 技术难度较低
3. 针对特定的蛋白靶点,
特异性较高 | 1. 分辨率较低
2. 数据质量依赖抗体质量,筛选抗体费时费力
3. 成本较高 | [11,26,27] |
| ATAC-seq | 双端测序 | 1. 利用Tn5转座酶将开放染色质区域的DNA片段化并加上接头
2. 文库构建并上机测序 | 1. 灵敏性高,低细胞起始量
2. 方法简单,耗时短
3. 分辨率较高
4. 重复性较好 | 1. Tn5酶价格昂贵
2. 常规数据分析方法不可用或存在限制 | [28~30] |
| DNase-seq | 双端或
单端测序 | 1. 利用DNaseⅠ切割开放染色质区域
2. 连接接头、片段筛选 | 1. 分辨率较高
2. 实验方法较简单 | 1. 样品准备复杂,实验流程耗时
2. 需要大量细胞
3. 需精确控制酶量 | [31,32] |
| NoMe-seq | 双端测序 | 1. 利用GpC甲基转移酶处理固定的染色质
2. DNA片段的重亚硫酸盐转化
3. 文库构建并上机测序 | 可对同一样品同时进行核小体定位及DNA甲基化程度的分析 | 1. 需要大量细胞
2. 数据分析存在挑战 | [33,34] |