染色质转座酶可及性测序研究进展

吴杰, 全建平, 叶勇, 吴珍芳, 杨杰, 杨明, 郑恩琴

Advances in assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing

Wu Jie, Quan Jianping, Ye Yong, Wu ZhenFang, Yang Jie, Yang Ming, Zheng Enqin

表1 5种染色质可及性研究技术介绍

Table 1 Introduction of five chromatin accessibility assays

技术 细胞类型及数量 获取方式 目的 特点 参考文献 DNase-seq 需要1,000,000~ 10,000,000的任何 细胞类型 DNase I 酶切 获取染色质开放信息 (1)比传统方法操作更简便; (2)细胞需要量大; (3)酶最优酶切浓度确定过程繁琐; (4)样品制备过程复杂且耗时 [20,24] MNase-seq 需要1,000,000~ 10,000,000的 任何细胞类型 微球菌 核酸酶酶切 绘制核小体图谱以间 接探测染色质可及性 (1)操作简单,后期数据处理方便; (2)细胞样本需要量大; (3)酶浓度和切割温度难以确定 [26,27] FAIRE-seq 需要100,000~ 10,000,000的任 何细胞类型 超声波 物理断裂 获取染色质开放信息 (1)不用酶切、不需要分离出细胞核; (2)没有序列切割特异性; (3)细胞需要量大; (4)甲醛最佳交联程度难以确定 [21,24,31] NOMe-seq 至少1,000,000 的任何细胞类型 甲基化修饰 获得内源DNA甲基化 的信息并定位核小体 (1)不需要使DNA断裂,不会产生富集偏差; (2)同时获得含GpC和CpG二核苷酸的信息; (3)细胞需要量大 [22,34] ATAC-seq 500~50,000个 新鲜分离的细胞 Tn5转座 酶酶切 获取染色质可及性、 转录因子结合以及 核小体定位信息 (1)过程简便、效率高; (2)数据分析工具不够成熟; (3)线粒体、叶绿体中的DNA污染; (4)冷冻组织细胞DNA提取效率低; (5) DNA片段损失过多 [36~38]