环状RNA翻译能力研究进展

郑帅龙, 李利, 张红平

Progress on translation ability of circular RNA

Zheng Shuailong, Li Li, Zhang Hongping

表1 研究circRNA翻译能力常用的预测工具

Table 1 The common predictive tools of circRNA translation ability

名称 工具介绍 参考文献 ORFfinder 一个图形序列分析工具,可以分析并检索出circRNA序列中所有潜在的ORF [39] CPC2 通过输入circRNA序列,可预测其编码能力 [40] CPAT 通过对circRNA序列信息进行分析,评估其编码潜力 [41] IRESfinder 基于k-mer特征识别真核细胞中RNA序列上的IRES [42] IRESite 基于已有68个病毒和115个真核细胞的实验数据,收录了大量的具有IRES位点的基因, 可对circRNA序列进行比对,预测circRNA上潜在的IRES位点 [43] Sramp 对哺乳动物的circRNA序列进行检索,寻找m6A 基序 [44] m6Apred 对酿酒酵母中m6A基序进行预测 [45] Pfam 32.0 通过预测circRNA翻译产物的潜在结构域,进而预测其功能 [46] CircCode 基于RNA-seq或者Ribo-seq (核糖体印记与深度测序)数据,筛选结合有核糖体的circRNA [47]