| circRNAdb | 收集了32,914条人类外显子circRNA记录,是首个汇总可编码蛋白的circRNA的数据库 | [48] |
| circBank | 收录了140,790条人类circRNA的记录,是目前关于人类已知circRNA最全的数据库 | [49] |
| circBase | 收集了包括人、小鼠、秀丽线虫(Caenorhabditis elegans)等共6个物种的circRNA信息,是目前涵盖物种数目最多的circRNA数据库 | [50] |
| CSCD | 肿瘤特异性circRNA数据库,可以对circRNA的RBP、ORF、亚细胞定位和可变剪切进行预测 | [51] |
| TSCD | circRNA组织特异性表达分析数据库,收录了人和小鼠的circRNA信息 | [52] |
| CIRCpedia V2 | 收录6个不同物种的180多个RNA-seq数据和26万个circRNA注释,可对人类和小鼠间circRNA进行保守分析 | [53] |
| CircInteractome | 通过预测circRNA是否含有已被验证过的IRES,判断其是否具有潜在的翻译能力 | [54] |
| CircNet | 对人类464个样本的RNA-seq数据系统地整理挖掘后建立的数据库,它提供了新circRNA的鉴定、circRNA-miRNA-mRNA的互作网络、circRNA亚型的表达水平、circRNA亚型的基因组注释和circRNA亚型的序列等信息 | [55] |
| plantcircbase | 植物circRNA的综合数据库,包含了拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)、番茄(Solanum lycopersicum)和大麦(Hordeum vulgare)等物种的circRNA信息,可以使circRNA结构可视化 | [56] |
| Circ2Traits | 收录了与疾病和性状潜在相关的circRNA信息 | [57] |
| circAtlas | 收录了包括人、猕猴(Macaca mulatta)、小鼠、褐家鼠(Rattus norvegicus)、野猪(Sus scrofa)和鸡(Gallus domesticus)等物种的circRNA序列信息,可对不同物种间circRNA保守性进行分析 | [58] |