环状RNA翻译能力研究进展

郑帅龙, 李利, 张红平

Progress on translation ability of circular RNA

Zheng Shuailong, Li Li, Zhang Hongping

表3 研究circRNA翻译常用的实验方法

Table 3 The common experimental verification of circRNA translation ability

方法 原理 用途 参考文献 核糖体印记与 深度测序技术 被核糖体包裹的RNA片段不易被RNase降解,回收片段测序得到与核糖体结合的序列信息 筛选出结合有核糖体的circRNA [59,60] 免疫组化反应 利用抗原与相应的抗体进行免疫反应后,通过相应的显色反应,以检测相应的目的蛋白的表达 检测circRNA生成的蛋白, 进行定性、定量和定位 [61] Western Blot 设计特异性抗体与抗原进行免疫反应后,通过相应的显色反应,以检测相应的目的蛋白的表达 检测circRNA生成的蛋白,进行定性和定量 [12] 免疫沉淀 利用抗体特异性反应纯化富集目的蛋白 纯化富集目的蛋白 [61] 质谱检测 质谱分析是先将物质离子化,按离子的质荷比分离,然后测量各种离子谱峰的强度而实现分析目的的一种分析方法 检测circRNA新生成的蛋白,获得蛋白序列信息 [61] RNA结合蛋 白免疫沉淀 运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行q-PCR验证或者测序分析 验证circRNA与翻译起始相关蛋白或因子的相互作用 [62] 蛋白质体外 结合实验 将RNA进行标记(如生物素探针标记),再与细胞裂解液共同孵育,从而形成RNA-蛋白质复合物,之后再分离复合物得到蛋白质,通过western blot或质谱检测检测蛋白质 验证circRNA与翻译起始相关蛋白或因子的相互作用 [63]