利用SNP芯片信息评估新疆近交牛基因组纯合度
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师睿, 张毅, 王雅春, 黄涛, 卢国昌, 岳涛, 卢振西, 黄锡霞, 卫新璞, 冯书堂, 陈军, 乌兰·卡格德尔, 茹先古丽·阿不力孜, 努尔胡马尔·木合塔尔
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The evaluation of genomic homozygosity for Xinjiang inbred population by SNP panels
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Shi Rui, Zhang Yi, Wang Yachun, Huang Tao, Lu Guochang, Yue Tao, Lu Zhenxi, Huang Xixia, Wei Xinpu, Feng Shutang, Chen Jun, Kagedeer Wulan, Abulizi Ruxianguli, Muhetaer Nuerhumaer
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表1 本研究使用的各样本数据
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Table 1 Datasets used in this study
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| 群体/品种 | 缩写 | 类别 | 样本来源 | 数据集1
(310头) | 数据集2
(170头) | 数据集3
(69头) | 数据集4
(70头) | 数据来源 | | 新疆近交牛 | XI | 中国北方牛 | 新疆塔城 | 20 | 50 | 69(40)* | 50 | 本研究 | | 哈萨克牛(塔城) | TL | 中国北方牛 | 新疆塔城 | 20 | 20 | - | 20 | 本研究 | | 新疆褐牛 | XB | 中国北方牛 | 新疆塔城 | 20 | 50 | - | - | 本研究 | | 荷斯坦牛 | HO | 普通牛 | 北京大兴 | 20 | 50 | - | - | 本研究 | | 瑞士褐牛 | BS | 普通牛 | 瑞士 | 20 | | | | [4] | | 西门塔尔牛 | SI | 普通牛 | 德国 | 20 | - | - | - | [4] | | 加尔梅克牛 | JA | 普通牛 | 俄罗斯 | 20 | - | - | - | [11] | | 延边牛 | YB | 中国北方牛 | 吉林延边 | 20 | - | - | - | [4] | | 蒙古牛 | MG | 中国北方牛 | 内蒙古锡林郭勒 | 20 | - | - | - | [4] | | 哈萨克牛(伊犁) | KA | 中国北方牛 | 新疆伊犁 | 20 | - | - | - | [4] | | 秦川牛 | QC | 中国中原牛 | 陕西宝鸡 | 20 | - | - | - | [4] | | 晋南牛 | JN | 中国中原牛 | 山西运城 | 14 | - | - | - | [4] | | 南阳牛 | NY | 中国中原牛 | 河南南阳 | 20 | - | - | - | [4] | | 鲁西牛 | LX | 中国中原牛 | 山东梁山 | 16 | - | - | - | [4] | | 温岭牛 | WL | 瘤牛 | 浙江温州 | 20 | - | - | - | [4] | | 吉尔牛 | GI | 瘤牛 | 印度 | 20 | - | - | - | [12] |
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