利用SNP芯片信息评估新疆近交牛基因组纯合度

师睿, 张毅, 王雅春, 黄涛, 卢国昌, 岳涛, 卢振西, 黄锡霞, 卫新璞, 冯书堂, 陈军, 乌兰·卡格德尔, 茹先古丽·阿不力孜, 努尔胡马尔·木合塔尔

The evaluation of genomic homozygosity for Xinjiang inbred population by SNP panels

Shi Rui, Zhang Yi, Wang Yachun, Huang Tao, Lu Guochang, Yue Tao, Lu Zhenxi, Huang Xixia, Wei Xinpu, Feng Shutang, Chen Jun, Kagedeer Wulan, Abulizi Ruxianguli, Muhetaer Nuerhumaer

图1 新疆近交牛与其他品种的遗传关系 A：主成分分析;B：Admixture分析结果(K=2或5)。图中每一列表示一个个体,不同颜色片段的长度表示该个体基因组中某个祖先所占的比例,K表示本研究假定的祖先群体个数。HO：荷斯坦牛;BS：瑞士褐牛;SI：西门塔尔牛;JA：加尔梅克牛;YB：延边牛;MG：蒙古牛;KA：哈萨克牛(伊犁);QC：秦川牛;JN：晋南牛;NY：南阳牛;LX：鲁西牛;WL：温岭牛;GI：吉尔牛;XB：新疆褐牛;XI：新疆近交牛;TL：哈萨克牛(塔城)。

Fig. 1 Genetic relationships between Xinjiang inbreeding population and other breeds