基于序列相似性和Z曲线方法重注释原核生物蛋白编码基因
刘硕, 曾志, 曾凡才, 杜萌泽

Comprehensive re-annotation of protein-coding genes for prokaryotic genomes by Z-curve and similarity-based methods
Liu Shuo, Zeng Zhi, Zeng Fancai, Du Mengze
表2 含有20个以上的假定ORFs被注释上准确功能的基因组的信息
Table 2 The information of genomes with 20 more hypothetical ORFs with annotated function
菌株 NC序列号 数量 菌株 NC序列号 数量
大肠杆菌(E. coli O111:H-str. 11128) NC_013364 80 炭疽芽孢杆菌(B. anthracis str. CDC 684) NC_012581 23
肠道沙门氏菌(S. enterica subsp. enterica
serovar Paratyphi B str. SPB7)
NC_010102 64 肠道沙门氏菌(S. enterica subsp. enterica
serovar Paratyphi C strain RKS4594)
NC_012125 23
鲍氏志贺菌(Shigella boydii CDC 3083-94) NC_010658 52 金黄色葡萄球菌(S. aureus subsp. aureus MW2) NC_003923 23
肠道沙门氏菌(S. enterica subsp. arizonae
serovar 62:z4, z23:- str. RSK2980)
NC_010067 45 蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus ATCC 10987) NC_003909 22
枯草芽孢杆菌(B. subtilis subsp. subtilis str. 168) NC_000964 42 大肠杆菌(E. coli O26:H11 str. 11368) NC_013361 22
鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus Lc 705) NC_013199 38 肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae P1031) NC_012467 22
鼠李糖乳杆菌(L. rhamnosus GG) NC_013198 36 金黄色葡萄球菌(S. aureus subsp. aureus Mu3) NC_009782 21
肠道沙门氏菌(S. enterica subsp. enterica
serovar Paratyphi A str. AKU_12601)
NC_011147 35 金黄色葡萄球菌(S. aureus subsp. aureus JH9) NC_009487 21
大肠杆菌(E. coli O157:H7 str. Sakai) NC_002695 34 结核分枝杆菌(M. tuberculosis CDC1551) NC_002755 20
大肠杆菌(E. coli O157:H7 str. EDL933) NC_002655 30 炭疽芽孢杆菌(B. anthracis str. A0248) NC_012659 20
肠道沙门氏菌(S. enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150) NC_006511 30 大肠杆菌(E. coli O157:H7 str. EC4115) NC_011353 20
大肠杆菌(E. coli SE11) NC_011415 28 炭疽芽孢杆菌(B. anthracis str. Ames) NC_003997 20
大肠杆菌(E. coli ED1a) NC_011745 27 哈维氏弧菌(V. harveyi ATCC BAA-1116) NC_009783 20
大肠杆菌(E. coli UTI89) NC_007946 26 结核分枝杆菌(M. tuberculosis KZN 1435) NC_012943 20
枯草芽孢杆菌(B. subtilis BSn5) NC_014976 25 大肠杆菌(E. coli O55:H7 str. CB9615) NC_013941 20
肠道沙门氏菌
(S. enterica subsp. enterica serovar Typhi str. Ty2)
NC_004631 25 牛型分枝杆菌
(Mycobacterium bovis AF2122/97)
NC_002945 20
大肠杆菌(E. coli CFT073) NC_004431 23