假单胞菌噬菌体基因组学研究进展
徐志伟, 魏云林, 季秀玲

Progress on phage genomics of Pseudomonas spp.
Xu Zhiwei, Wei Yunlin, Ji Xiuling
图1 铜绿假单胞菌与噬菌体D3112的遗传图谱
A:铜绿假单胞菌遗传图;B:噬菌体D3112遗传图。遗传图谱上方是G+C含量的图形表示,与基因图谱按比例绘制。中间部分显示了D3112预测的ORF及其方向,由实心箭头表示。每个箭头下方的数字对应于ORF编号,每个箭头上方的名称标识具有高度相似性的已知蛋白质。黑色箭头ABc表示3个先前测序的基因,白色箭头表示与已知蛋白质相似的ORF,灰色箭头表示未知的ORF。左侧方框表示与噬菌体D3112宿主高度相似的细菌,阴影表示不同程度的相似性。NmZ:脑膜炎奈瑟球菌Z2491;NmM:脑膜炎奈瑟球菌MC58;So:S. oneidensis;Hi:流感嗜血杆菌;SeTy:肠炎沙门氏菌;StLT2:肠炎链球菌LT2;EcO:大肠杆菌O157:H7;Ec:大肠杆菌;Sf:弗氏志贺菌;Mu:肠噬菌体Mu;PA:铜绿假单胞菌;Pss:丁香属;Pf:荧光假单胞菌;Pp:恶臭假单胞菌;Xf:X. fastidiosa。框内的星号表示基于期望值与D3112 ORF具有最高相似性的物种,菱形显示通过贝叶斯方法与D3112 ORF最密切相关的物种,而三角形显示通过邻点连接法与D3112 ORF最密切相关的物种。
Fig. 1 Genetic maps of Pseudomonas aeruginosa and bacteriophage D3112