细菌最小基因组研究进展

李金玉, 杨姗, 崔玉军, 王涛, 滕越

Research progress of bacterial minimal genome

Jinyu Li, Shan Yang, Yujun Cui, Tao Wang, Yue Teng

表1 具有代表性的细菌、共生生物、病毒和细胞器基因组的比较

Table 1 Comparison of representative genomes of bacteria, symbiotic organisms, viruses and organelles

微生物 分类a 基因组 大小(bp) GC含 量(%) 蛋白质 编码 序列数 位于COGs M簇和I簇 的基因数目b 细胞形态 杆状决定基因 ftsZ ispA mreB rodA 游离细菌 Escherichia coli γ-变形菌纲 4,639,675 50.8 4145 323 杆状[46] + + + + Bacillus subtilis 柔膜菌纲 4,215,606 43.5 4176 307 杆状[46] + + + + Rickettsia prowazekii α-变形菌纲 1,111,523 29.0 835 100 杆状[47] + - + + Mycobacterium genitalium Mollicutes 580,076 31.7 475 17 '烧瓶形' [48] + - - - 缩减基因组共生生物 Candidatus Blochmannia floridanus γ-变形菌纲 705,557 27.4 583 77 杆状[49] + - + + Wigglesworthia glossinidia γ-变形菌纲 697,724 22.5 611 85 杆状[50] + + + + Candidatus Baumannia cicadellinicola γ-变形菌纲 686,194 33.2 595 62 球状[51] + + + + Buchnera aphidicola str. APS γ-变形菌纲 640,681 26.3 564 41 球状[52] + + - - Candidatus Moranella endobia' γ-变形菌纲 538,294 43.5 406 36 球状[53] + - + + Buchnera aphidicola str. Cc γ-变形菌纲 416,380 20.2 357 10 球状[54] + - - - 极端缩减基因组共生生物 Candidatus Sulcia muelleri str. GWSS 黄杆菌纲 245,530 22.4 227 5 多形性管状[55] - - - - Candidatus Zinderia insecticola β-变形菌纲 208,564 13.5 202 1 多形性斑点[56] - - - - Candidatus Carsonella ruddii γ-变形菌纲 159,662 16.6 182 1 多形性管状[57] - - - - Candidatus Hodgkinia cicadicola α-变形菌纲 143,795 58.4 169 0 多形性管状[58] - - - - Candidatus Tremblaya princeps β-变形菌纲 138,927 58.8 121 0 多形性斑点[53] - - - - 具有较大基因组的细胞器 Cucurbita pepo 线粒体 982,833 42.8 38 NA NA - - - - Floydiella terrestris 叶绿体 521,168 34.5 74 NA NA - - - - Porphyra purpurea 叶绿体 191,028 33.0 209 NA NA - - - - Reclinomonas americana 线粒体 69,034 26.1 67 NA NA - - - - 巨大病毒 Acanthamoeba polyphaga mimivirus 拟菌病毒科 1,181,404 28.0 1262 NA NA NA NA NA NA Cafeteria roenbergensis virus (CroV) 拟菌病毒科 617,453 23.4 544 NA NA NA NA NA NA Coccolithovirus 藻类DNA 病毒科 407,339 40.2 472 NA NA NA NA NA NA