鹿科动物基因组学研究进展

巴恒星, 胡鹏飞, 李春义

Progress on deer genome research

Ba Hengxing, Hu Pengfei, Li Chunyi

表2 鹿科动物基因组变异资源

Table 2 Datasets of genomic variation in cervids

物种 发表时间 (年) 测序平台/方法 个体数量 标记类型 标记数量 白尾鹿 (Odocoileus virginianus)[22] 2011 Roche 454/简化基因组 16 SNP 13,734c 白尾鹿 (Odocoileus virginianus)[24] 2012 Illumina BovineSNP50 10 SNP 469a 骡鹿 (Odocoileus hemionus)[24] 2012 Illumina BovineSNP50 4 SNP 429a 黑尾鹿 (Odocoileus hemionus)[24] 2012 Illumina BovineSNP50 14 SNP 434a 驯鹿 (Rangifer tarandus)[25] 2015 Illumina BovineSNP50+OvineSNP50 4 SNP 4572+1471a 赤鹿/马鹿 (Cervus elaphus)[28] 2015 Illumina GAII-X/重测序 7 SNP 1.8×105c 骡鹿 (Odocoileus hemionus)[26] 2016 Illumina HiSeq2000/外显子捕获 7 SNP 23,204c 梅花鹿 (Cervus nippon)[19] 2017 Illumina HiSeq2500/双酶切简化基因组 42 SNP 96,188c 梅花鹿 (Cervus nippon)[27] 2017 Illumina Hiseq Xten/重测序 100 SNP 38,319,467c 豚鹿 (Axis porcinus)[23] 2017 Illumina HiSeq2500/酶切简化基因组 11 SNP 11,155c 梅花鹿(Cervus nippon)/ 马鹿(Cervus elaphus)/F1[20] 2018 Illumina HiSeq2500/双酶切简化基因组 30 SNP 2015b 驼鹿 (Alces alces)[21] 2018 Illumina HiSeq2500/酶切简化基因组 34 SNP 336c 梅花鹿 (Cervus nippon)[42] 2018 Applied Biosystems 3730/基因组 96 SSR 29a 骡鹿(Odocoileus hemionus)/ 白尾鹿(Odocoileus virginianus)/F1/F2[11] 2019 Illumina CervusSNP50 30 SNP 40b 狍 (Capreolous capreolus)[13] 2019 Illumina HiSeq2500/酶切简化基因组 250 SNP 83,893c 梅花鹿 (Cervus nippon)[43] 2020 PCR扩增 478 Y-SNP 9c 梅花鹿 (Cervus nippon)[40] 2020 Applied Biosystems 3730/转录组 140 SSR 29a 赤鹿 (Cervus nippon)[44] 2020 PCR扩增 123 X-/Y-SSR 10/5a