植物PHD结构域蛋白的结构与功能特性

王天一, 王应祥, 尤辰江

Structural and functional characteristics of plant PHD domain-containing proteins

Wang Tianyi, Wang Yingxiang, You Chenjiang

图2 植物中部分PHD结构域蛋白MMD1的系统发育树 图中展示了部分拟南芥MMD1的同源蛋白的进化关系(序列来源于植物基因组网站Phytozome12)。使用IQ-TREE (version 1.6.12),以最大似然法(Maximum Likelihood, ML)构建系统发育树,选用的构树模型为JTT+R6,以葫芦藓科、泥炭藓科和卷柏科的MMD1同源蛋白定根。图中数字为分支的自展值,星号“*”代表自展值为100。拟南芥的MMD1分支标为红色,睡莲的MMD1同源蛋白分支标为蓝色,无油樟的MMD1同源蛋白分支标为绿色。图中标注了几个主要的科目,分别为豆科(粉色)、蔷薇科(绿色)、杨柳科(紫色)、锦葵科(黄色)、十字花科(蓝色)和番木瓜科(橙色)。

Fig. 2 Phylogenetic tree of the PHD domain protein MMD1 in plants