CUT&Tag产物回收和建库方法的优化

韦晔, 李科, 卢大儒, 朱化星

Optimization of CUT&Tag product recovery and library construction method

Wei Ye, Li Ke, Lu Daru, Zhu Huaxing

表1 低细胞数量时不同回收方法的回收效率比较

Table 1 Comparison of recovery efficiency of different recovery methods in few cells condition

回收方法 细胞数量 起始unique read 去重后的mapping reads 峰值数 srCUT&Tag 200.00 6384518 2436658 8301 srCUT&Tag 500.00 15961295 4628092 13389 srCUT&Tag 1000.00 29650679 6318990 16269 SPRI 磁珠回收 200.00 5407687 2100856 7630 SPRI 磁珠回收 500.00 13168069 3751782 11875 SPRI 磁珠回收 1000.00 23021799 5238500 14145 乙醇沉淀回收 200.00 1580168 783550 2497 乙醇沉淀回收 500.00 4243044 1707974 5749 乙醇沉淀回收 1000.00 7608218 3012370 9752 直接PCR 200.00 2809188 1116464 5992 直接PCR 500.00 7461906 2027234 9870 直接PCR 1000.00 13058335 3446298 11028