HOXD基因簇内一系列CTCF位点反转揭示绝缘子功能
Combinatorial CRISPR inversions of CTCF sites in HOXD cluster reveal complex insulator function
A：HOXD基因簇区域基因组三维空间结构示意图。HOXD基因簇位于C-DOM和T-DOM两个TAD边界处,位于HOXD基因簇附近的CBS a-e与C-DOM中的正向CBS形成染色质环,CBS f-g与T-DOM中的成串反向CBS形成染色质环。B：HOXD基因簇区域CBS序列比对图。正向CBS的方向为module 1~4,其中module 1与module 2之间相隔5 bp或者6 bp。DNA序列中的“-”表示该CBS的module 1与module 2间隔为5 bp,故用“-”补齐。右侧CBS方向列,“+”表示CBS为正向,“-”表示该CBS为反向且显示DNA序列是反向互补序列。C：利用CRISPR/Cas9系统进行DNA片段反转示意图。针对预反转片段设计一对sgRNA进行片段编辑,会产生上游接口和下游接口;在切割点附近设计引物,用引物F1+F2、R1+R2进行PCR鉴定,若出现目的条带且F1+R1、F2+R2和F1+R2无目的条带,则为纯合反转单细胞克隆。D：HOXD基因簇内CBS组合性反转示意图,共构建五种反转单细胞克隆株。
