串联反向CTCF位点的系列删除揭示增强子调控HOXD基因簇表达的平衡
Serial deletions of tandem reverse CTCF sites reveal balanced HOXD regulatory landscape of enhancers
A：果蝇及哺乳动物Hox基因家族的基因组结构。果蝇Hox基因簇分为触足复合群(ANT-C)和双胸复合群(BX-C),其中ANT-C包含Antp、Scr、Dfd、pb和lab基因,BX-C包含AbdB、AbdA和Ubx基因。哺乳动物具有4个Hox基因簇：HoxA、HoxB、HoxC和HoxD,共包含39个基因,其中HoxD基因簇包括HoxD1、HoxD3、HoxD4、HoxD8~HoxD13。果蝇及哺乳动物相同颜色的Hox基因为直系同源基因(orthologues),它们起源于同一祖先基因。B：人胚胎肾细胞系HEK293T中的CTCF蛋白、架构蛋白YY1、增强子标记H3K4me1和H3K27ac、启动子标记H3K4me3、转录活性标记PolⅡ和p300在人HOXD基因簇及其调控区域内的分布。红色虚线框指示增强子Island2、Island5、GT2、CS38-41和HOXD基因簇所在区域。哺乳动物的HoxD基因簇位于3′端粒侧TAD (T-DOM)和5′中心粒侧TAD (C-DOM)交界处,并受到上下游增强子簇(upstream enhancer cluster和downstream enhancer cluster)的调控。C：人类HOXD基因簇区域CTCF位点的分布。人肾脏和胚胎肾细胞系HEK293T的CTCF ChIP-seq结合峰分布图：HOXD基因簇C-DOM和T-DOM交界区域均具有串联排列的CTCF位点。红色虚线框依次指示CBS a、b、c和e所在区域。D：小鼠HoxD基因簇区域CTCF位点的分布。小鼠肾脏和第12.5天胚胎肢芽CTCF ChIP-seq数据显示小鼠HoxD基因簇中心粒侧对应的位置具有串联反向排列的4个CTCF位点。图C和D中箭头代表CTCF位点,其中红色箭头代表正向CTCF位点,蓝色箭头代表反向CTCF位点。
