串联反向CTCF位点的系列删除揭示增强子调控HOXD基因簇表达的平衡

王玲, 李金环, 黄海燕, 吴强

Serial deletions of tandem reverse CTCF sites reveal balanced HOXD regulatory landscape of enhancers

Wang Ling, Li Jinhuan, Huang Haiyan, Wu Qiang

图3 CBS c-e删除引起上游增强子与近端HOXD基因相互作用的增强 A：设计一对sgRNA(sgRNA c1和sgRNA e2)对HEK293T野生型细胞进行编辑获得CBS c-e删除的单细胞克隆株(c-e#49和c-e#54)的示意图。B：用引物c1F和e2R PCR鉴定c-e#49和c-e#54单细胞克隆株的凝胶电泳图。C：TA克隆鉴定c-e#49和c-e#54单细胞克隆株基因型的测序结果图。D：RNA-seq数据分析比较WT细胞、c-e#49和c-e#54细胞中HOXD基因簇表达水平。E：QHR-4C实验中,以Island5为VP,分析c-e#49和c-e#54细胞株中Island5与HOXD基因簇启动子的远程互作。红色实线框内为Island5与HOXD基因簇启动子之间的染色质相互作用放大图,黑色虚线框依次指示调控元件Island2、GT2和CS38-41。F：以GT2为VP,分析CBS c- e删除后GT2与HOXD基因簇启动子的远程互作。红色实线框内为GT2与HOXD基因簇启动子间的染色质相互作用放大图,黑色虚线框依次指示调控元件Island2、Island5和CS38-41。G：以HOXD9启动子为VP,c-e#49和c-e#54细胞株中Island2、Island5、GT2、CS38-41与HOXD9启动子之间的染色质相互作用。黑色虚线框指示Island2,红色实线框内分别为Island5、GT2和CS38-41与HOXD9启动子之间的染色质相互作用放大图。

Fig. 3 Increases of long-distance chromatin interactions between enhancers and promoters upon CBS c-e deletion