串联反向CTCF位点的系列删除揭示增强子调控HOXD基因簇表达的平衡

王玲, 李金环, 黄海燕, 吴强

Serial deletions of tandem reverse CTCF sites reveal balanced HOXD regulatory landscape of enhancers

Wang Ling, Li Jinhuan, Huang Haiyan, Wu Qiang

图4 串联排列CTCF位点对增强子远程互作和HOXD基因表达具有叠加效应 A：利用CRISPR/Cas9编辑系统获得CBS b-e删除的单细胞克隆株(b-e#59和b-e#80)的示意图。B：用引物b1F和e2R1进行PCR鉴定b-e#59和b-e#80单细胞克隆株的凝胶电泳图。C：TA克隆鉴定b-e#59和b-e#80单细胞克隆株基因型的测序结果图。D：RNA-seq数据分析比较WT细胞、b-e#59和b-e#80细胞株细胞中HOXD基因簇表达水平。E：QHR-4C实验中,以Island5为VP,分析CBS b-e删除对Island5与HOXD基因簇启动子远程互作的影响。红色实线框内为Island5与HOXD基因簇启动子之间的染色质相互作用放大图,黑色虚线框依次指示调控元件Island2、GT2和CS38-41。F：以GT2为VP,分析b-e#59和b-e#80细胞株中GT2与HOXD基因簇启动子的远程互作。红色实线框内为GT2与HOXD基因簇启动子间的染色质相互作用放大图,黑色虚线框依次指示调控元件Island2、Island5和CS38-41。G：以HOXD9启动子为VP,分析b-e#59和b-e#80细胞株中Island5、GT2、CS38-41与HOXD9启动子间的染色质相互作用。黑色虚线框指示Island2,红色实线框内分别为Island5、GT2和CS38-41与HOXD9启动子之间的染色质相互作用放大图。

Fig. 4 Additive effects on chromatin interactions and HOXD expression revealed by tandem CTCF sites deletion