串联反向CTCF位点的系列删除揭示增强子调控HOXD基因簇表达的平衡

王玲, 李金环, 黄海燕, 吴强

Serial deletions of tandem reverse CTCF sites reveal balanced HOXD regulatory landscape of enhancers

Wang Ling, Li Jinhuan, Huang Haiyan, Wu Qiang

图5 删除全部反向CTCT位点破坏增强子调控HOXD基因表达的平衡 A：获得CBS a-e删除的单细胞克隆株(a-e#93和a-e#108)的示意图。B：用引物a1F和e2R PCR鉴定a-e#93和a-e#108细胞株的凝胶电泳图。C：TA克隆鉴定a-e#93和a-e#108单细胞克隆株基因型的测序结果图。D：RNA-seq数据分析比较WT细胞、a-e#93和a-e#108细胞株细胞中HOXD基因簇转录水平。E：QHR-4C实验中,以Island5为VP,分析CBS a-e删除对Island5与HOXD基因簇启动子及两侧调控区域染色质相互作用的影响。红色实线框内为Island5与HOXD基因簇启动子之间的染色质相互作用放大图,黑色虚线框依次指示调控元件Island2、GT2和CS38-41。F：以GT2为VP,分析a-e#93和a-e#108细胞株中GT2与HOXD基因簇启动子的染色质相互作用。红色实线框内为GT2与HOXD基因簇启动子间的染色质相互作用放大图,黑色虚线框依次指示调控元件Island2、Island5和CS38-41。G：以HOXD9启动子为VP,分析CBS a-e删除后HOXD9的表达调控模式。黑色虚线框指示Island2,红色实线框内为Island5、GT2、CS38-41与HOXD9基因簇启动子间的染色质相互作用放大图。

Fig. 5 Regulatory balance of HOXD expression revealed by tandem reverse CTCF sites completely deletion