转录因子相关数据库

doi:10.3724/SP.J.1005.2010.01009

遗传 ›› 2010, Vol. 32 ›› Issue (10): 1009-1017.doi: 10.3724/SP.J.1005.2010.01009

转录因子相关数据库

陈鸿飞, 王进科

东南大学生物电子学国家重点实验室, 生物科学与医学工程学院生物技术与材料实验中心, 南京210096

收稿日期:2009-12-25 修回日期:2010-03-01 出版日期:2010-10-20 发布日期:2010-10-20
通讯作者: 王进科 E-mail:wangjinke@seu.edu.cn
基金资助:
国家自然科学基金项目(编号：60871014)资助

The databases of transcription factors

CHEN Hong-Fei, WANG Jin-Ke

The State Key Laboratory of Bioelectronics, The Experimental Center of Biotechnology and Biomaterials, School of Biological Sciences and Medical Engineering, Southeast University, Nanjing 210096, China

Received:2009-12-25 Revised:2010-03-01 Online:2010-10-20 Published:2010-10-20
Contact: WANG Jin-Ke E-mail:wangjinke@seu.edu.cn

摘要/Abstract

摘要： 转录水平的调控是基因调控的重要环节, 其中转录因子(Transcription Factor, TF)和转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Site, TFBS)是转录调控的重要组成部分。为了解析基因转录调控过程中TF与其TFBS相互作用的分子机理, 鉴定TFBS及构建基因转录调控网络, 需要对已发现的TF及其TFBS信息进行系统的收集、整理和分析。目前, 国际上已经出现不少关于TF及其TFBS的专业数据库, 这些数据库对基因转录调控及TF相关的分子生物学、系统生物学及生物信息学的研究非常重要, 对这些领域的研究起到了显著的推进作用。文章对7个目前比较著名的TF及其TFBS相关数据库, 包括TRANSFAC、JASPAR、TFDB、TRRD、TRED、PAZAR、MAPPER的特点、数据种类和数量及使用方法进行了详细综述, 并简要介绍了其他相关数据库。

关键词: 转录因子, DNA结合位点, 数据库, 生物信息学

Abstract: The control of gene transcription is a critical level of gene expression regulation. The interactions between transcription factors (TF) and their DNA binding sites (TFBS) play a key role at this level. In order to decipher the molecular mechanism of the interactions of TFs with TFBSs and construct transcription regulatory network, it is necessary to systematically collect, save, and analyze the information of discovered TFs and their TFBSs. In recent years, multiple TF and TFBS-related databases have been established. These databeses significantly promoted the TF-related studies in the fields of molecular biology, bioinformatics, and system biology. This paper summarized the contents, characteristics, access, and advances of main TFs and TFBSs-related databases, including TRANSFAC, JASPAR, TFDB, TRRD, TRED, PAZAR, MAPPER and others.

Key words: transcription factor, DNA binding site, database, bioinformatics

陈鸿飞，王进科. 转录因子相关数据库[J]. 遗传, 2010, 32(10): 1009-1017.

[1]	梁承志. 从作物基因组分析到整合组学知识库建设[J]. 遗传, 2019, 41(9): 875-882.
[2]	王博,刘芳,张二春,沃晨亮,陈振家,钱璞毅,卢浩荣,曾文君,陈泰,危金普,万仟,王韧,徐讯. 国家基因库：共有、共为、共享[J]. 遗传, 2019, 41(8): 761-772.
[3]	卢涣滋,王迪侃,王智. HPV阳性口咽癌患者预后与T细胞浸润和新抗原负荷相关性分析[J]. 遗传, 2019, 41(8): 725-735.
[4]	孙兆庆, 闫波. 转录因子GATA6在心血管疾病中的作用及其调控机制[J]. 遗传, 2019, 41(5): 375-383.
[5]	于好强,孙福艾,冯文奇,路风中,李晚忱,付凤玲. 转录因子BES1/BZR1调控植物生长发育及抗逆性[J]. 遗传, 2019, 41(3): 206-214.
[6]	李鑫,李梦玮,张依楠,徐寒梅. 常用肿瘤基因分析方法及基于TCGA数据库的分析应用[J]. 遗传, 2019, 41(3): 234-242.
[7]	宋洁, 吴永波, 周跃恒, 柳波娟, 王楠, 郝转芳, 吴元奇. 作物组学数据库的比较和应用[J]. 遗传, 2018, 40(7): 534-545.
[8]	鞠君毅,赵权. γ-珠蛋白基因表达调控机制与临床应用[J]. 遗传, 2018, 40(6): 429-444.
[9]	骆甲,王型力,孙志超,吴迪,张玮,王正加. 植物环状RNA研究进展[J]. 遗传, 2018, 40(6): 467-477.
[10]	丁庆倩,王小婷,胡利琴,齐欣,葛林豪,徐伟亚,徐兆师,周永斌,贾冠清,刁现民,闵东红,马有志,陈明. 谷子MYB类转录因子SiMYB42提高转基因拟南芥低氮胁迫耐性[J]. 遗传, 2018, 40(4): 327-338.
[11]	张源笙,夏琳,桑健,李漫,刘琳,李萌伟,牛广艺,曹佳宝,滕徐菲,周晴,章张. 生命与健康大数据中心资源[J]. 遗传, 2018, 40(11): 1039-1043.
[12]	任岚,肖茹丹,张倩,娄晓敏,张昭军,方向东. KLF1和KLF9对K562细胞红系分化的协同调控作用[J]. 遗传, 2018, 40(11): 998-1006.
[13]	张玲, 何建波. GATA6在肝脏发育中的作用及调控机制[J]. 遗传, 2018, 40(1): 22-32.
[14]	李敏,董翔宇,梁浩,冷丽,张慧,王守志,李辉,杜志强. 肉鸡腹脂率双向选择系群体表型数据库(NEAUHLFPD)的设计及其功能实现[J]. 遗传, 2017, 39(5): 430-437.
[15]	岳敏, 杨禹, 郭改丽, 秦曦明. 哺乳动物生物钟的遗传和表观遗传研究进展[J]. 遗传, 2017, 39(12): 1122-1137.

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