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2015年, 第6期 刊出日期:2015-06-20
编码T细胞受体(T cell receptor, TCR)$\alpha$、$\beta$、$\gamma$和δ链的基因定位于不同的染色体,分别由多个不同的高度同源的基因家族组成。通过常规的鸟枪法全基因组测序很难获得完整准确的其基因序列和排列位置,因此需要新的分析策略来研究TCR基因位点的完整序列和结构信息。鸡的细菌人工染色体(BAC)文库是用BAC载体构建的含有鸡的全部基因随机片段的重组DNA克隆群体,是进行鸡物理图谱构建、染色体筛查、基因筛选和基因图位克隆等生物学研究的基础。开展鸡TCR $\gamma$链基因位点对应的BAC克隆的重新测序和组装,可为进一步研究鸡TCR
$\beta$基因位点和TCR $\alpha/ \delta$基因位点的基因组序列积累经验。研究表明,鸡TCR $\gamma$基因位点174P24克隆的组装草图与鸡参考基因组TCR $\gamma$基因位点的序列存在一些差异;PCR扩增和测序验证了组装scaffold内部结构正确,校正了参考基因组的多处序列错误;发现在组装难度、目的性和准确性方面,BAC克隆的测序和组装优于全基因组测序和组装。详见本期马俊平等的“鸡T细胞受体$\gamma$链基因位点重新测序和组装”一文(第568~574页)。设计说明:图中卡通鸡的两只脚踩在DNA双螺旋结构上,双翅形象化为手型,左手托起右上角的TCR结构示意图,右手拇指竖起指向文中获得的鸡TCR $\gamma$基因位点的组装草图,口中高呼“TCR $\gamma$”。图案不仅体现了实验的研究重点,更寓意着利用靶向BAC文库的TCR区段测序策略获得鸡TCR基因位点的完整序列的期望。
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综述
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