芯片技术与肿瘤中DNA甲基化研究

遗传 ›› 2008, Vol. 30 ›› Issue (3): 295-303.

芯片技术与肿瘤中DNA甲基化研究

田筱青, 孙丹凤, 张燕捷, 房静远

上海交通大学医学院附属仁济医院, 上海市消化疾病研究所, 上海 200001

收稿日期:2007-08-22 修回日期:2007-10-28 出版日期:2008-03-10 发布日期:2008-03-10

Microarray-based methods to identify DNA methylation in cancer

TIAN Xiao-Qing, SUN Dan-Feng, ZHANG Yan-Jie, FANG Jing-Yuan

Shanghai Jiaotong University School of Medicine, Renji Hospital, Shanghai Institute of Digestive Diseases, Shanghai 200001, China

Received:2007-08-22 Revised:2007-10-28 Published:2008-03-10 Online:2008-03-10

摘要/Abstract

摘要：

DNA甲基化是表观遗传学的一个重要部分。它参与基因转录调控, X染色体失活, 发育调控及细胞分化的过程。异常的DNA甲基化与癌症的发生密切相关。芯片技术的发展为高通量研究DNA甲基化提供了新的方法。各种芯片技术以不同的DNA预处理方法为基础, 包括免疫沉淀和限制性内切酶等。免疫沉淀方法特异性高, 而限制性酶的方法具有较高的灵敏度。虽然每种方法都有一定的局限性, 但是它们为在基因组范围研究癌症的甲基化谱提供了更多的选择。

关键词: 免疫沉淀, 癌症, 限制性内切酶, 芯片, DNA甲基化

Abstract:

DNA methylation is an epigenetic modification associated with gene transcription regulation, X-chromosome inactivation, regulation of development and cell differentiation. Aberrant DNA methylation has been linked to cancer. The advent of microarray technology has provided new opportunities for high-throughput study on DNA methylation. Various microarray-based methods depend on different pretreatments including immunoprecipitation and restriction digestion. Al-though each technique has its limitations, the immunoprecipitation method has high specificity, and the restriction digestion method shows high sensitivity. Together they provide many choices to the study of genome-wide DNA methylation profile in cancer.

田筱青，孙丹凤，张燕捷，房静远. 芯片技术与肿瘤中DNA甲基化研究[J]. 遗传, 2008, 30(3): 295-303.

TIAN Xiao-Qing, SUN Dan-Feng, ZHANG Yan-Jie, FANG Jing-Yuan. Microarray-based methods to identify DNA methylation in cancer[J]. HEREDITAS, 2008, 30(3): 295-303.

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