拟南芥TCH4基因启动区转录调控元件的计算识别

doi:10.3724/SP.J.1005.2008.00620

遗传 ›› 2008, Vol. 30 ›› Issue (5): 620-626.doi: 10.3724/SP.J.1005.2008.00620

拟南芥TCH4基因启动区转录调控元件的计算识别

张长青^1,2,3, 王进¹, 高翔²

1. 南京大学医药生物技术国家重点实验室, 南京 210093;
2. 南京大学模式动物研究所, 南京 210061;
3. 金陵科技学院园艺学院, 南京 210038

收稿日期:2007-10-22 修回日期:2007-11-29 出版日期:2008-05-10 发布日期:2008-05-10
通讯作者: 王进

Computational identification of transcriptional regulatory elements in Arabidopsis TCH4 promoter

ZHANG Chang-Qing^1,2,3, WANG Jin¹, GAO Xiang²

1. State Key Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology, Nanjing University, Nanjing 210093, China;
2. Model Animal Research Center, Nanjing University, Nanjing 210061, China;
3. School of Horticulture, Jinling Institute of Technology, Nanjing 210038, China

Received:2007-10-22 Revised:2007-11-29 Online:2008-05-10 Published:2008-05-10
Contact: WANG Jin

摘要/Abstract

摘要：

TCH4基因在植物次生生长、疾病抵抗和逆境适应方面具有重要作用, 能被多种激素、环境和机械信号诱导表达。利用拟南芥TCH4的直系同源基因和芯片数据进行了启动子序列分析, 结果共识别出9个转录调控元件。它们均包含有已知元件序列, 并且在部分共表达基因和对应的直系同源基因启动子中排列顺序一致。根据已有TCH4基因启动子研究, 其中4个已被报道, 另5个为本研究新发现。根据预测结果进行知识整合, 构建了TCH4基因转录调控机制模型。

关键词: 生物信息学, 转录调控元件, TCH4基因

Abstract:

Arabidopsis TCH4 gene plays an important role in the biological processes related to plant secondary growth, resistance to pathogen, and adaptation to environmental stresses. It is up-regulated by various hormonal, environmental, and mechanical stimuli. Here, we identified 9 transcriptional regulatory elements from TCH4 promoter by bioinformatics approach. In which, 4 elements have been reported previously, and 5 elements are newly identified in this study. All of the identified elements contain the sequences of known cis-elements. Especially, their distribution along some co-expressed gene promoters and the orthologous promoters is typically clustered and syntenic. Based on our predictions and the information of known cis-elements, a model representing the transcriptional regulation mechanism was proposed for TCH4 gene in re-sponse to hormonal, mechanical, and environmental stimuli.

张长青，王进，高翔. 拟南芥TCH4基因启动区转录调控元件的计算识别[J]. 遗传, 2008, 30(5): 620-626.

ZHANG Chang-Qing, WANG Jin, GAO Xiang. Computational identification of transcriptional regulatory elements in Arabidopsis TCH4 promoter[J]. HEREDITAS, 2008, 30(5): 620-626.

[1]	王姗姗, 赵琬怡, 吴慧潇, 舒梦, 袁嘉欣, 方丽, 徐潮. 特发性低促性腺激素性性腺功能减退症FGFR1与CEP290基因变异研究[J]. 遗传, 2022, 44(10): 937-949.
[2]	向虹, 阳小胡, 艾亮霞, 潘燕平, 胡勇. 脱发相关差异表达基因的生物信息学分析[J]. 遗传, 2020, 42(2): 172-182.
[3]	吕红强, 郝乐乐, 刘二虎, 吴志芳, 韩九强, 刘源. 基于生物信息学的Hi-C研究现状与发展趋势[J]. 遗传, 2020, 42(1): 87-99.
[4]	卢涣滋,王迪侃,王智. HPV阳性口咽癌患者预后与T细胞浸润和新抗原负荷相关性分析[J]. 遗传, 2019, 41(8): 725-735.
[5]	张源笙,夏琳,桑健,李漫,刘琳,李萌伟,牛广艺,曹佳宝,滕徐菲,周晴,章张. 生命与健康大数据中心资源[J]. 遗传, 2018, 40(11): 1039-1043.
[6]	向小华, 吴新儒, 晁江涛, 杨明磊, 杨帆, 陈果, 刘贯山, 王元英. 普通烟草WRKY基因家族的鉴定及表达分析[J]. 遗传, 2016, 38(9): 840-856.
[7]	李晓旭, 刘成, 李伟, 张增林, 高晓明, 周慧, 郭永峰. 番茄WOX转录因子家族的鉴定及其进化、表达分析[J]. 遗传, 2016, 38(5): 444-460.
[8]	周学, 杜宜兰, 金萍, 马飞. 癌症相关microRNA与靶基因的生物信息学分析[J]. 遗传, 2015, 37(9): 855-864.
[9]	方翔, 李宁求, 付小哲, 李凯彬, 林强, 刘礼辉, 石存斌, 吴淑勤. 基于“天河二号”的水产病原生物信息分析平台构建及其在水产病原分析中的应用[J]. 遗传, 2015, 37(7): 702-710.
[10]	邱红梅，郝文媛，高淑芹，马晓萍，郑宇宏，孟凡凡，范旭红，王洋，王跃强，王曙明. 大豆含硫氨基酸相关酶基因发掘[J]. 遗传, 2014, 36(9): 934-942.
[11]	施杨, 徐筱, 李昊阳, 徐倩, 徐吉臣. 水稻扩展蛋白家族的生物信息学分析[J]. 遗传, 2014, 36(8): 809-820.
[12]	齐鲁, 丁彦青. CREB5在大肠癌转移中的调控机制[J]. 遗传, 2014, 36(7): 679-684.
[13]	陈先知, 王燕, 史建磊, 朱隆静, 王克磊, 徐坚. 黄瓜全基因组热激转录因子(HSFs)的鉴定与表达分析[J]. 遗传, 2014, 36(4): 376-386.
[14]	程燕,陈琳, 曹忻, 哈斯其美格, 谢小冬. Hsa-miR-125b在人胃癌耐药细胞株中的表达及其靶基因的功能分析[J]. 遗传, 2014, 36(2): 119-128.
[15]	丁安明, 李凌, 屈旭, 孙亭亭, 陈雅琼, 宗鹏, 李尊强, 龚达平, 孙玉合. 番茄PPR基因家族的鉴定与生物信息学分析[J]. 遗传, 2014, 36(1): 77-84.

拟南芥TCH4基因启动区转录调控元件的计算识别

Computational identification of transcriptional regulatory elements in Arabidopsis TCH4 promoter

PDF (PC)

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics