GSA：组学原始数据归档库

doi:10.16288/j.yczz.18-178

遗传 ›› 2018, Vol. 40 ›› Issue (11): 1044-1047.doi: 10.16288/j.yczz.18-178

GSA：组学原始数据归档库

张思思^1,²,陈婷婷^1,²,朱军伟^1,²,周晴^1,³,陈旭^1,²,王彦青^1,²,赵文明^1,^2,³()

^1. 中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心, 北京 100101
^2. 中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室,北京 100101
^3. 中国科学院大学,北京 100049

收稿日期:2018-06-29 修回日期:2018-09-06 出版日期:2018-11-20 发布日期:2018-10-09
通讯作者: 赵文明 E-mail:zhaowm@big.ac.cn
作者简介:张思思,博士,工程师,研究方向：生物信息学。E-mail: zhangss@big.ac.cn|陈婷婷,硕士,工程师,研究方向：生物信息学。E-mail: chentt@big.ac.cn,张思思和陈婷婷并列第一作者。
基金资助:
国家重点研发计划“国家生物信息平台支撑技术项目”和“精准医学项目”(2017YFC1201200);国家重点研发计划“国家生物信息平台支撑技术项目”和“精准医学项目”(2016YFC0901603);中国科学院战略性先导科技专项基金项目(XDB13040500);中国科学院战略性先导科技专项基金项目(XDA08020102);国家自然科学基金项目(91731304);中国科学院关键技术人才基金项目和中国科学院“十三五”信息化建设专项(XXH13505-05)

GSA: Genome Sequence Archive

Sisi Zhang^1,²,Tingting Chen^1,²,Junwei Zhu^1,²,Qing Zhou^1,³,Xu Chen^1,²,Yanqing Wang^1,²,Wenming Zhao^1,^2,³()

^1. BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China
^2. CAS Key Laboratory of Genomics and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China
^3. University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China

Received:2018-06-29 Revised:2018-09-06 Online:2018-11-20 Published:2018-10-09
Contact: Zhao Wenming E-mail:zhaowm@big.ac.cn
Supported by:
[Supported by the National Key R&D Program of China(2017YFC1201200);[Supported by the National Key R&D Program of China(2016YFC0901603);the Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of Sciences(XDB13040500);the Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of Sciences(XDA08020102);the National Natural Science Foundation of China(91731304);Key Technology Talent Program of the Chinese Academy of Sciences and the 13th Five-year Informatization Plan of Chinese Academy of Sciences(XXH13505-05)

摘要/Abstract

摘要：

生命科学的发展已进入组学大数据时代,然而我国至今尚未形成公共数据库存储体系。为弥补国内空白,组学原始数据归档库(Genome Sequence Archive, GSA, http://bigd.big.ac.cn/gsa)系统遵循国际核苷酸序列数据联盟(International Nucleotide Sequence Database Collaboration,INSDC)相关数据库建设标准,广泛收集各类生命组学原始数据。自2015年底上线运行以来,已获得了包括Cell、Nature、PNAS、GPB等30余个国内外期刊的认可,收录的数据量呈显著增长趋势,提供的数据服务受到国内外广大科研人员的认可。GSA有效缓解了当前我国生命组学数据汇交、存储与共享困难的问题,为我国国家生物信息中心的建设奠定了坚实基础。本文对目前GSA数据汇交、审核、发布与管理等机制进行了深入阐述,以方便用户了解GSA的各项功能,提供更高效的数据服务。

关键词: 组学原始数据归档库（GSA）, 组学大数据, 数据汇交, 数据共享

Abstract:

The Genome Sequence Archive (GSA), a new data repository for raw sequence reads in China, has been developed in compliance with the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) standards. It supports data generated from a variety of sequencing platforms ranging from Sanger sequencing to single-cell sequencing and provides data storing and sharing services freely for worldwide scientific communities. Since it went online in late 2015, GSA has archived more than 500 TB data and been acknowledged by many high-profile journals, including Cell, Nature, PNAS, GPB, etc. Focusing on omics data submission, storing and sharing typically for Chinese users, GSA promotes the initiative of the National Bioinformatics Center of China. This paper introduces the specifies of GSA as data collection, curation, management and exchange to facilitate users to understand and use GSA database.

Key words: Genome Sequence Archive (GSA), omics data, data submission, data sharing

张思思,陈婷婷,朱军伟,周晴,陈旭,王彦青,赵文明. GSA：组学原始数据归档库[J]. 遗传, 2018, 40(11): 1044-1047.

Sisi Zhang,Tingting Chen,Junwei Zhu,Qing Zhou,Xu Chen,Yanqing Wang,Wenming Zhao. GSA: Genome Sequence Archive[J]. Hereditas(Beijing), 2018, 40(11): 1044-1047.

[1]	张思思, 陈旭, 陈婷婷, 朱军伟, 唐碧霞, 王安可, 董丽莉, 张哲文, 孙艳玲, 俞彩霞, 翟爽, 孙玉彬, 陈焕新, 杜政霖, 肖景发, 章张, 鲍一明, 王彦青, 赵文明. GSA-Human：人类遗传资源数据管理的公共系统[J]. 遗传, 2021, 43(10): 988-993.
[2]	陈凤珍, 游丽金, 杨帆, 王丽娜, 郭学芹, 高飞, 华聪, 谈聪, 方林, 单日强, 曾文君, 王博, 王韧, 徐讯, 魏晓锋. CNGBdb：国家基因库生命大数据平台[J]. 遗传, 2020, 42(8): 799-809.
[3]	赵文明, 宋述慧, 陈梅丽, 邹东, 马利娜, 马英克, 李茹姣, 郝丽丽, 李翠萍, 田东梅, 唐碧霞, 王彦青, 朱军伟, 陈焕新, 章张, 薛勇彪, 鲍一明. 2019新型冠状病毒信息库[J]. 遗传, 2020, 42(2): 212-221.
[4]	梁承志. 从作物基因组分析到整合组学知识库建设[J]. 遗传, 2019, 41(9): 875-882.
[5]	张源笙,夏琳,桑健,李漫,刘琳,李萌伟,牛广艺,曹佳宝,滕徐菲,周晴,章张. 生命与健康大数据中心资源[J]. 遗传, 2018, 40(11): 1039-1043.

GSA：组学原始数据归档库

GSA: Genome Sequence Archive

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